对“执政”是“科学”的深刻认识，表明我们党要始终做到执政为民，不但要有理想和科学的理论，还要有一整套不断完善的、科学的执政制度和执政方法。作为一门科学，执政是理论、制度和方法的统一。科学执政，就是按照科学的理论、科学的制度和科学的方法来执政。正是从这个意义上说，科学执政是民主政治和依法执政的基本前提和条件，而民主执政和依法执政是科学执政的基本要求和保证。要推进科学执政，必须推进民主执政和依法执政，三者是有机统一的。
要推进科学执政，必须创新执政理论。所谓执政理论通常是指一个政党执掌政权的指导性理论、思想、原则等。政党都是在一定的执政理论的指导下执政的，执政理论不同，执政方式也必然不同，所以执政的绩效必然不同。要实现科学执政，必须对长期在战争年代和计划经济条件下形成的一些执政理念、思想、观点进行深刻的反思和厘清；必须解放思想，实事求是，与时俱进，自觉地把思想认识从那些不合时宜的观念、做法和体制中解放出来；必须强化对政治发展和现代政治理论的研究，尤其加强对民主理论和法治理论的研究；要善于用理论创新的成果指导实践，通过理论创新推动制度创新、科技创新、文化创新以及其他各方面的创新；要善于吸收和借鉴世界上各国执政党治国理政的做法与经验，使党的执政理论体现时代性、把握规律性、富于创造性。
要推进科学执政，必须建设科学的执政制度。党的一切执政活动能否有序进行及效率、效果如何，首先取决于制度和体制的设计是否科学、合理，这个制度和体制运转得是否灵活、高效。所以，推进科学执政，提高党的执政能力，在很大程度上取决于党的执政制度的科学性和合理性。健全的、科学的、合理的执政制度，能合理划分执政党和国家机关的权责职能，明确工作程序和要求，明晰执政活动的责任归属，使党的执政资源的各要素实现优化配置，防止执政活动的随意性和盲目性，减少执政成本，使党的一切活动都依靠制度来规范，从而提高执政效率，提高党的领导水平和执政能力，保证党的事业健康发展和各项工作的和谐、高效运作。
从人类历史发展的进程来看，只有依靠民主政治制度来进行安排和运作，才能为党科学执政提供一个广阔良性、科学合理的制度平台，也就是说要推进科学执政，必须推进民主执政。因为，作为国家制度产生的民主，是迄今为止人类探寻到的充分保障人权、实现人民主权、保障国家权力有序运转和对权力实现最有效制约的最科学合理的制度。
建设社会主义民主制度，一是要加强党内民主制度建设。党内民主制度是党内制度建设的重点，也是难点。要建立健全充分反映党员和党组织意愿的党内民主制度，进一步疏通和拓宽党内民主的渠道，丰富党内民主的形式，使各级党组织和广大党员能够及时了解、掌握党内事务，平等地表达自己的愿望，发表自己的意见，以主人翁的姿态积极参与党内事务，实现对党内事务的广泛参与、有效管理和积极监督。二是坚持和完善人民代表大会制度。实现科学执政的最大、最重要的制度平台是人大制度，我们是在这个平台上实现党的领导、人民当家作主和依法治国的有机统一，实现科学执政、民主执政和依法执政的有机统一。离开根本政治制度建设，有机统一就失去了制度性的依托。作为执政的中国共产党只有将党的路线方针政策和各种主张，通过人民代表大会的法定程序，转化为国家和人民的意志，通过人大工作，使国家的法律、法规和制度适应我国市场经济和社会发展的需要，并使宪法、法律、法规能有效执行。同时，人民代表大会制度改革和完善也是决策民主化、科学化的前提和先决条件，因为只有充分吸收社会各方面对决策的民主参与，各种决策要素能够畅通、规范、高效、有序地发挥作用，才能保证决策的科学性，而人民代表大会制度从根本制度上保证了全体社会
成员最广泛的政治参与，保障决策最符合广大人民群众的根本利益。由此，我们看到，只有人大制度才能实现科学执政、民主执政和依法执政的三者有机统一。当然，我们还要坚持和完善社会主义民主的其他一些基本制度和具体制度。
要推进科学执政，必须运用科学的执政方法。科学的执政方法是党的执政理论、执政制度在执政实践中的具体体现，也是提高党的执政能力的有效途径。从党实施执政的方法上讲，就是要把依法执政作为新的历史条件下党执政的一个基本方式。
实现依法执政，就是使党依照宪法和法律进入国家政权，依照法定程序和权限行使权力，使党的执政活动在宪法和法律所规定的限度内有序进行，从而使党调配国家和社会资源的活动方式规范化，执政党与立法机关、行政机关、司法机关、政协机关、经济组织、社会组织之间的关系规范化，党组织在这些组织中的地位、功能和活动方式规范化，使我们党依法组织和领导经济、政治、文化和社会各项事业的发展，保证党的执政活动与人民群众根本利益相一致。
要实现依法执政，就必须树立宪法和法律的权威，而正是权力的合理配置、有效制约和监督，才造就了法治秩序，使任何权力都在宪法的范围内运作，没有超越其上的任何特权。也就是说权力的合理配置与有效制约的运行机制是依法执政的机制架构，是其实现的必要条件和直接保障。由此，我们要着力建立党的十六大提出的“结构合理、配置科学、程序严密、制约有效的权力运行机制”，从决策和执行等环节加强对权力的制约和监督，保证把人民赋予的权力真正用来为人民谋利益。