一、发达国家的经验
1.减量、改制、转型。减量就是减少国有研究机构的数量，砍掉大部分国立研究机构、实现民有化；改制就是保留的国立研究机构要转制，实现国有民营、合同管理；转型就是政府放弃直接管理，实现基金会化。
（1）从根本上改变大部分国立研究机构的所有制性质，国立机构民有化，军工企业民营化，减少国有研究机构的数量。
这一改革以俄罗斯最为突出。俄国的国立研究机构的改革一方面体现在军工企业民营化，实行全面军转民政策，并且制定了很多法律为军转民提供了法律依据，致力于军工企业向民用企业的全面转变。另一方面体现在一些国立研究机构的民有化，民有化首先是在各工业部门的科研机构进行，几乎所有的工厂科研都完全民有化。俄罗斯的科研机构打破了全部国家所有的局面，形成了国家所有制为骨干，多种所有制并存的局面。英国在上世纪80年代以后，也有很多机构陆续与政府脱钩，成为独立的技术公司、研究实体或者学会，缩减国立研究机构的规模。英国大部分部属研究机构都已经与政府脱钩，但它们与政府保持密切联系，继续为政府服务。
（2）至于其他发达国家，例如美国原本国立研究机构的数量不多，因而不存在大规模民有化问题，其做法是国有国营向国有民营管理体制转变。
在美国，部分国立研究机构通过合同研究的方式托管给大学、工业企业和非营利性机构管理，成为国有民营的研究机构。民营可以避免政府官僚机构的过多干预，管理方式比较灵活、层次少、决策快、环境宽松，有利于科研人员集中精力从事科学研究，多出科研成果，其人事和工资制度可以不必参照政府部门，具有较大的灵活性和自主权。此外，这种管理方式便于将私人企业和大学的管理经验引入政府实验室，有利于吸引和保留住世界一流的科学家。在大学管理的国家实验室中，全体实验室成员均为大学雇员，实验室的行政管理完全利用大学现有的管理体制，工资、晋升、医疗保险、休假等福利与大学职员接近或完全相同；在公司管理的国家实验室中，全体实验室成员均为公司雇员，工资、福利待遇与公司其他职员相同或者类似。大学和企业往往都有明确的绩效考核体系，这种体制有助于调动科研人员的积极性，提高其研究工作的效率。
日本的国立研究机构和国立大学实行独立行政法人制度，也就是将国立研究机构从政府省厅分离独立出来，以降低对政府的依赖程度，避免政府对这些研究所的过细干预，在资金使用、人事等方面提高研究所的自由度。随着科学技术的发展，日本政府倾向于把能由民间企业完成的科学研究业务从国立研究所中分离出来，鼓励一些完全由政府出资的研究所吸收民间的资金，以更好地使国家预算资金发挥更大的效用。
（3）政府采用基金会的形式对国立研究机构进行间接管理。
英国贸工部将下属的研究机构根据研究领域和方向的不同，划归不同的研究委员会，贸工部不再直接管理，由研究委员会统一经费划拨和人员管理，研究委员会是自治性的非政府管理的基金会，主要利用贸工部划拨的经费，支持下属研究机构及本领域其他机构的研究，这种做法也为很多其他部属研究机构借鉴。基金会化成为一大趋势，有很多国立研究机构都卖给了对口的民间研究基金会。基金会的特点是经费来源多样化，重视经费的使用效率，因此往往基金会能够为其支持的研究机构提供比较严的监督。
科研机构的民营化一方面减轻了政府的管理压力，另一方面在一定程度上改变了国立研究机构人浮于事、管理层次多、研究效率低下的缺陷，增加了科研经费来源的多样性，并且科研机构的市场化也使得科研机构开始注意科研产品的市场化、商品化，更加注重科研产品的实用性。
2.国立研究机构实行决策机构（理事会）、执行机构（执委会）和监督机构（监事会）及制约机构（咨委会）多方制衡的相对独立的自我管理体制，政府对其是间接管理，不过问机构经费的使用、人员的任命、组织管理等。
虽然国立研究机构归属政府所有，但是发达国家的这些机构在内部管理上都是实行相对独立的自我管理体制。
研究机构的自我管理体制以理事会为中心，理事会是决策机构，理事长和理事一般由上级主管政府部门通过公开选拔任命，有2年到5年不等的任期。执行委员会是理事会决策的执行机构，一般执行委员会都有很多分支办公室，分别负责经费使用、对外联系、学科建设、日常管理等。监事会是管理体系的重要组成部分，由于其组成成分复杂，有来自学界、政府、工业界和普通民众代表，并且对于机构的大小事宜都有发言权，因此增加了多方制衡，机构接受内外监督，增强了监督力度，有利于研究机构提高研究活动的效率和公平性，减少学术腐败。研究机构一般还有很多咨询委员会，是研究所的制约机构，咨委会主要是在研究所的科研
活动和处理与公众的关系等方面为研究所提供咨询。咨询委员会一般都有来自于一些学会、其他科学团体和普通民众的代表，反映他们的建议，研究所往往把认真听取他们的建议作为研究所的重要任务之一。
发达国家国立研究机构的相对独立地位体现在上级政府主管部门对它们的间接管理而不是直接管理。政府主管部门负责经费的划拨、领导人的任命，并监督科研机构的科研活动，除此之外，主管部门不过问经费的使用、下属研究机构的成员任命、战略目标制定、组织管理等，上级主管部门的管理是间接管理。
3.改变传统的科研人员固定编制，代之以流动性的人员配置，有些研究机构基本没有什么固定编制的研究人员，大部分是短期合同人员，科研人员可以选择兼职。
很多发达国家的国立研究机构鼓励科研人员的流动，有些科研人员可以选择兼职，以日本、德国、美国和法国为代表。
科学自由是德国基本法规定的原则，人员流动是德国市场经济下科研体制的特点。国家和企业根据需要建立科研工作就业岗位，任何人都可能参加科研岗位招聘的竞争。研究人员固定编制的很少，绝大多数是流动人员。一般情况下，研究人员在研究所工作3-5年就要考虑去留问题，研究所理事会的理事任期也很短，一般为2年，除室主任和主要助手、工程技术人员是固定编制外，研究人员基本上都是短期合同人员，他们往往是因为某个课题、项目而聚集在一起，研究所提供的仅仅是经费、科研设施和交流场所，课题完成即意味着合同结束。科学家年满65-67岁，无例外地办理退休手续。研究室主任退休后，该室即自行解体，人员流动，仪器交库，实验室关闭。新的室主任上任后，一切从零开始筹建自己的研究室，重新订立研究方向，聘请助手和征集课题研究组，并购置仪器设备。在国立研究机构就业岗位上工作的科技人员必须有研究成果才能站住脚。
美国国家实验室鼓励科技人员流动，鼓励政府与企业共同分担新技术开发风险和成本。政府创造各种条件，鼓励国家实验室、研究所、大学和企业发展各种伙伴合作关系，使研究人员在各机构间自由流动。尤其是委托给大学、企业、非营利性学术团体管理的“国有民营”研究所，其托管机构的研究人员很多都在研究所内兼职，同时研究所的很多研究员也兼职大学教师、企业顾问或者学术团体的研究员等。
为激发研究人员的竞争意识，促进科技人员的流动，保持研究机构的活力，日本一些省厅改变了研究人员的终身雇用制。1997年6月，日本在国立研究机构开始实施《关于定期任用普通管制研究人员及工资、工作时间等特例的法律》，以聘请或培养青年人方式录用任期制研究人员。2002年日本第二期科学技术基本计划强调，要通过广泛普及任期制，提高人才的流动性，另外，为了使研究人员能够根据其资质和能力获得职位，要普及公开招聘制度。在国立研究机构，要对35岁以下的年轻人员广泛采用任期制，对研究职位原则上实行公开招聘制度，为有资质和能力的研究人员提供公平的竞争机会。
法国则建立鼓励研究员提前退休的机制，加速科研人员的流动，1996年10月，政府决定：继续实行科研人员的定额招聘制度，保证每年的招聘率达到2.5％以上；取消国立研究机构主任研究员68岁才退休的规定，通过一些激励措施（发给相当于6个月工资的退休金），鼓励60-65岁的科研人员提前退休；在研究机构内部，提高研究人员的更新率，实行任期制；采取激励措施，加速科研人员的更新和流动，例如改善研究人员到企业去的待遇，借调到企业的研究人员，收入上限可放宽到相当于原单位工资的150％。
在这种相对自由的就业环境下，一方面有利于科研人员找到最适合自己的研究机构，并且根据机构研究项目的变化适时地做出调整，一旦所处研究机构的研究项目完成，又没有更适合自己的项目，就可以转投其他研究机构，从而可以发挥科研人员的最大作用；另一方面，通过这种流动性的人员配置，研究机构能够不断增加新鲜血液，并且能够找到各个研究项目最合适的研究人员，达到最佳的研究效果；机构的流动性避免了由于人员众多、机构臃肿所造成的研究所管理压力，有利于提高研究机构的科研效率。
4.科研经费的分配以项目为载体，实行合同研究的方式，成立临时性专门的评估小组对本领域的项目进行审查评价。
发达国家的科研经费一般不是按照研究所、实验室或者人头分配，而是以项目为导向的，即研究人员只有申请项目，获得批准后才能得到科研经费，并招聘课题研究人员，搭班开展研究活动。项目一般以合同的形式确立，研究人员要按照合同的要求完成课题，合同研究在国立研究机构中占据非常重要的地位，合同研究一方面增加了研究机构的经费来源，另一方面有很多合同都必须有几个研究机构共同完成，有利于跨机构的合作，并且通过与企业、协会、政府等签订研究合同促进了研究机构与工业、政府、协会和高校的学术交流和合作。同时，合同研究的课题来自政府、公共部门和企业的实际需求，研究成果也更贴近现实，这是科学研究服务于现实生活的体现，有利于更快地实现科研成果向实际生产力的转化。而研究机构也会组织评审小组对课题完成情况做出评价。研究机构对项目的选择和评价都具有科学性和程序性。
英国国立研究机构的做法是咨询委员会（咨询委员会是研究机构的制约机构，在研究所的科研活动和处理与公众的关系等方面为研究所提供咨询。成员通常来自于一些学会、其他科学团体，也有普通民众的代表）组织专门的评估小组对属于本领域的项目进行审查评价。这些专门小组的组员是临时性的，经常变化的，往往是一次评估完成后即解散，下一次评估时再重新组织。咨询委员会的评估结果由研究机构的理事会作为经费划拨的参考。同时监督委员会对评估结果及经费使用做出监督。资助项目接受过监督委员会的监督后将会对外公布，民众如果有异议或疑问，可以向研究所提出。这种安排使得整个项目申请、审查、批准的过程都处在研究所内外监督之下，有利于减少在经费划拨、项目审查过程中的学术腐败现象，保证研究经费的使用效率，并增加了研究所活动的透明度。
日本国立研究机构的经常性课题由研究人员自己提出申请，经所长和所一级审议部门审议批准；特别重大的研究课题的制定及预算是由各省厅的科技审议机构根据科学技术会议的总方针并结合自己的情况提出的，其预算还须提交大藏省审批，经国会通过。特别研究经费往往是与国家重点项目配套下达，研究机构要参与这些项目和得到这些经费，就往往按照有关规定，靠科研人员的学术水平和能力竞争争取，而不是某个或某些国立研究机构依靠其学术垄断地位而获得重大课题的特别研究经费。
5.发达国家除俄国外，都没有类似中国科学院这样的大而全的研究机构，赋予少量研究机构以国家科学中心的称号，支持研究机构、科学中心结盟。
发达国家如俄罗斯、英国、德国都出现一些结盟性的科学中心，主要是国立研究机构与处于相同或相近的研究领域的大学、非营利性科研机构和企业研究机构结盟，实现资源整合。
俄罗斯的国家科学中心是领域相近的科研机构合并而成的跨部门科学中心，科学中心的建立有非常严格的程序，包括研究领域必须是国家规定的重点支持领域，科研实力必须经过俄罗斯联邦科技部、经济部、财政部以及国有资产管理委员会的审定等。为了集中科技优势，更有效率地利用资金，建立国家科学中心是一个很好的做法。经过一系列严格筛选而成为国家科学中心的研究机构将获得国家的优先拨款和一系列的优惠措施。而且每两年对中心的工作进行评价，如果不合格，将被取消国家科学中心的资格。这种能上能下的设置极大地促进了科学机构的研发积极性。另外建立科学中心也可以促进产学研相结合，提高科学研究的效率，对于加强科技和高等教育的联系、组建一体化的教科实体，加强科技和产品的联系、促进科技成果的商品化、产业化方面也都发挥了重要作用。
我国国立研究机构改革，首先应该把技术开发类研究机构从国立研究机构中剔除，保证国立研究机构的“应有”作用的有效发挥。
为了使研究成果尽快应用到企业中去，使其商品化，英国政府强调工业企业和研究机构的合作，创建科学联合体，其中比较有影响的是科研和企业联合性组织。有些国立研究机构则与私立研究机构、大学研究机构等合并，力图科研资源的最优化配置。
日本近年来一直在致力于建立一个更加开放、更加灵活和高效率的研究开发体制，促使国立研究机构、大学和企业相互渗透，进行更多的交流和合作，以达到提高产官学整体研究开发能力。为了充分利用靠国家研究经费获得的研究成果，顺利实现成果转移，日本成立了新技术事业团，专门在大学、国立研究机构与民间企业之间发挥“桥梁”或“科技媒人”的作用。新技术事业团的主要任务是调查、收集大学和国立研究机构的研究成果，发掘优秀的研究成果，促使其向民间企业转移，以便实现产业化和商品化。日本政府积极利用组织杠杆，打破各单位界限，以课题负责人为核心组成课题组，调动各方面的优秀人才共同攻关，课题完成后，成员各自回原单位，形成以民间大企业为中心，学、官从旁支援配合，举国一致向高科技进军的科研体制。
6.注重与公众的交流，并致力于研究机构事务的公开透明化，接受公众的监督；注重对青年学者的培养。
发达国家的国立研究机构普遍比较重视科学与公众的交流，并将科学的普及化作为机构的发展目标之一。研究机构一般设立公共关系委员会，处理与公共交流有关的各种事宜。在英国，国立研究机构监督委员会对评审结果及经费使用等做出的监督的结果会对外公布，民众如果有异议或疑问，可以向研究所提出。这种安排使得整个项目申请、审查、批准的过程都处在研究所内外监督之下，有利于减少在经费划拨、项目审查过程中的学术腐败现象，保证研究经费的使用效率，并增加了研究所活动的透明度。并且理事会、执行委员会的主要的决议、日程安排和计划都能够在其网站上获得，同时决议的制定过程也会公布，对于一些没有公布的信息，理事会会向公众解释原因。这种做法增加了委员会的透明度，尤其是对于决策过程的公布给了他们一个接受外部监督的机会。研究机构还经常组织一些公众性的论坛和讲座，并且向民众征集议题，讨论一些民众感兴趣的话题。（http://www.yytv.com.cn版权所有）
对青年学者的培养则被认为是发达国家国立研究机构的重要使命之一。这些国家的国立研究机构几乎都有博士后项目，青年访问学者项目和针对青年学者和学生的培训项目，并且定期开设一些针对青年学者的短期培训项目。美国政府有一套完善的科研人员培养体系，尤其重视对青年科技人员的培养，例如美国政府80年代批准的国家科学基金会的“总统青年研究员资助计划”和海军部的“青年研究员计划”，都是旨在加强对青年科技人才的培养。美国国家实验室往往是青年科技人才的实践基地，国家实验室为他们提供宽松的研究环境和优厚的研究条件。德国的科研机构则可以吸收学生兼职，给一些年轻科学家机会在一些国际性的项目中工作，并让他们使用研究所最先进的实验室；还有一些国立的研究机构有针对青年人的公众论坛和课堂，培养青年人求知、创新和参与科学研究、技术开发的热情。
二、发达国家的教训——主要是俄罗斯的教训
我国国立研究机构存在的一些问题具有一定的普遍性，各国的国立机构都有一些行政干预过多、机构臃肿等通病，各国采取了不同的改革举措，有成功的经验，但也有我们应该吸取的教训，其中以俄罗斯的教训为主，主要是国立研究部门私有化进程过快，带来很多问题。
1.俄罗斯的民用科研机构是科研机构私有化进程中最为活跃的部门，其私有化进程开始于1992年，完成私有化的部门科研机构的比例，1993年平均为53％。由于缺乏经验，管理混乱，私有化带来了科研机构管理上的混乱，同时也削弱了国家的科研实力。一方面由于这一时期主要是将那些属于成果应用和生产阶段，完成研发、可以赢利的下属部门从原有设计局和研究院所脱离，从而随之带来了原有科研生产联合体和跨部门科技综合体的混乱和瓦解。另一方面原有科研机构纷纷建立起各种专业性和商业性（非专业性）公司，其实际的业务范围往往是出租土地、实验设备和技术设备，并未形成高效的高技术产业；在市场生存的压力下，一些科研机构又不得不削弱其技术研发，向其它的经营活动转变，从而在技术的专业性上逐渐丧失技术创新潜力和创新的积极性。
2.国家科研潜力因为私有化进程太快受到损失，主要是私有化后的科研机构不再继续进行科研活动，而是为了追逐利润，改变院所的专业性质和专业结构，利用科研机构所拥有的比较完备的技术设备、通讯设施、计算设施的场地，以及装备有许多现代化设备的原有的生产和试验企业，进行产品的生产，而不再从事基础性研究，这样就会带来国家科研能力下降、科技潜力丧失等问题。
3.科研机构的私有化虽然相对增加了科研资金来源的多样性，增大了对科技的投入，但是研发资金紧缺的问题并未得到解决。这主要是因为俄罗斯缺乏比较成熟稳定的市场，融资渠道狭小。有些研究机构私有化后面对着资金缺乏的困境，研究效率无从谈起。
总之，俄罗斯过快的私有化给我们的教训就是：对于民营化、私有化也要实事求是，不能冒进，政府要有的放矢、有所为有所不为，把握好改革的“度”，基础性和涉及国家安全的极少数研究由国立研究机构承担，而从事竞争性的、应用性研究的机构则完全可以引入竞争机制，实现市场化。
三、我国国立研究机构存在的问题及改革的对策
基于对改革进程的一般思考和对以往改革实践的反思，我国的改革不能完全寄希望于传统职能机构的自我完善，而应注重培养新体制因素的形成。针对我国国立研究机构存在的问题，我们的改革对策如下：
1.砍掉1／2：即一半的国立研究机构可以下放地方与高校、卖掉、转送国企，实现民营化。
我国自然科学和技术领域的研究机构经过历史上特殊时期的膨胀，可谓数量众多，但质量却参差不齐，从而造成整体效率低下，这一直是科技体制改革要面对的问题。经过十多年的分类改革，部分国立研究机构被转制为企业，与企业合并或下放给大学。然而，对于我国目前科技资源的拥有量而言，国立研究机构仍然是太多了。
（1）从国立研究机构的研究人员规模看，发达国家科研人员主要集中于企业，国立研究机构研究人员所占比重很小，例如1998年，俄罗斯国立研究机构的科研人员占研发人员总数的29.8％，这一比重在英国为11.5％，美国为6.2％，德国为15％，法国为21.6％，日本为5.9％，这几个国家平均为15％。而同年，我国国立研究机构从业人员所占比重为33.1％，是发达国家平均比重的两倍还多，基于这样的理由，我们认为国立研究机构的数量可以减少一半。[1）
（2）从国家科研经费的分配比例看，2002年，我国自然科学和技术领域的国务院和部属大大小小的国立研究机构共有395家，当年用于R&amD的经费为63亿元，从事R&amD的科学家和工程师共51451人，平均每家机构仅为1596.38万元，每个科技人员平均R&amD经费只有12.26万元（约为1.53万美元），“，这样的资源配置状况，一方面造成经费分散，许多重要的所需经费多的项目无人肯做或投入不足；另一方面僧多粥少的状况下，为了生存，研究机构往往使出浑身解数争项目，争经费，恶性竞争或是腐败就可能滋生了。
（3）从国立研究机构的本身特点来看，国立研究机构的主要任务是承担重要的基础性、公益性的研究，但是这些研究不一定只有通过国立研究机构的形式才能提供，国外的经验表明只要有足够的投入，民营研究机构也可以做，而且效率显然高于国立研究机构。美国在这方面曾经有过深刻的教训，国家实验室也存在诸如管理层次太多、行政指令多、审议评议多、机构臃肿、研究效率低下等问题。美国能源部于1994年2月成立了一个民间的独立调查组，对能源部所属的国家实验室进行冷战后的首次系统评审，并提出了改革的建议，从上世纪九十年代开始，美国的国有国营的研究机构开始了大规模的民营化，并且取得了很好的效果。因此国立研究机构科研效率低的问题在哪个国家都存在，只能尽量减少国立研究机构的数量，把能由市场实现的科研任务交给效率较高的民营研究机构完成。
（4）从我国科技发展的要求看，作为发展中国家，解决科学难题、研究高端技术固然也重要，然而在科技资源不丰富的条件下，进行适用技术的开发，加快科技向生产力的转移更是当务之急。所以研发体系的层次结构，不应盲目追求“高构成”“高重心”，而应当保持“低构成…‘低重心”，即绝大部分研究机构以从事技术开发为主，技术开发中又以开发适用技术为主。根据发达国家的经验，美国、德国等国的国立研究机构从事的基本上都是基础性、公益性研究，技术开发和应用性研究主要集中在工业企业，这样才能提高科学研究的实用性和应用价值，加快科研成果向现实生产力的转化。因此，我国国立研究机构改革，首先应该把技术开发类研究机构从国立研究机构中剔除，保证国立研究机构的“应有”作用的有效发挥。现在我国从事R&amD活动的国立单位中，中国科学院、基础研究型院所和建在科研院所中的一批国家重点实验室是承担基础研究的主力，2002年中科院所属的从事基础研究活动的研究机构占从事自然科学研究的国立研究机构的比重约为21％；公益型研究机构（不含中科院），在从事自然科学研究的国立研究机构中占的比例大体为26％；而国家重点实验室则是附属在一些大型研究机构中，不能单独计算。这样大体算下来，大约有1／2的国立研究机构既不从事基础研究，又不从事公益研究，必须改掉其国立属性。
至于改革的形式，目前只是通过自愿申请与行政强制转制相结合的方式进行，技术开发类研究机构逐步转制为科技型企业、进入相关企业或者进入大学。既然国企改革可以采取参股、兼并、联合经营、承包、租赁、拍卖甚至破产等多种方式，国立研究机构的改革也应该参考这种改革实践，采取多种形式进行。例如，有些研究机构对中央的科技全局影响不大，但对地方的科技经济可以有大的贡献，就应该下放地方；有的研究机构科研效率低下，即使进行投资整顿也很难有所作为，就应考虑将其拍卖掉，借助市场的力量盘活；有的研究机构中的研究所对国家非常重要，且效率较高，而有的所相反，一直在扯后腿，就要考虑将不好的所进行剥离。总之，改革的方式应该是创新的，多种多样的，根据实际情况进行。由于涉及各方面的利益关系，这样的改革不会是一帆风顺的，科技部可以成立专门的改革管理机构，在调查研究的基础上指导、促进、协调及监督改革的顺利开展。
2.重新整合研究机构，实现国立研究机构的专业化、分散化。
在395家自然科学和技术领域的中央和部属国立研究机构中，中科院所属的研究机构有94家，占1／4之多，所以在对这类研究机构的改革中，对中科院系统进行重要的整合是十分必要的。
（1）从中科院的职能上看，新中国建立伊始，为了集中全国的科技资源尽快建立新中国的科研体系，成立了中国科学院。当时中科院的任务是：确立科学研究方向；培养与合理地分配科研人才；调整与充实研究机构。从当时的任务来看，中科院建立之初其实是为了执行一种科技管理部门的职能，而中科院也确实起到了应有的过渡作用。当真正的科技管理部门成立之后，中科院已经失去了其存在的意义了。中科院的职能完全可以被现有机构取代：其管理职能完全可以由科技部来承担，在已经有科技部及各级科委的条件下，再设立中科院不但是一种人为的条条块块分割，而且增加了行政环节和行政成本，完全没有必要。中科院的学科领导职能，完全可以由科技协会来承担，院士由科技协会来管理，这样不但有利于全国的不分条块的科学共同体的形成，而且可以平息院士日渐膨胀的权力，减少学术腐败的发生。
（2）从学术发展的要求来看，在中国特有的只能上不能下的体制中，完成历史任务的中科院不但未被取消，反而被冠以所谓的“全国最高的学术机构”称号。这个称号完全是没有意义的，学术的发展是无止境的，最高水平总是在被打破之中，既使是诺贝尔奖获得者也不敢说自己是最高水平。人为设置所谓的“最高学术机构”，不利于学术创新和科研机构之间的公平竞争和合作。
（3）从发达国家的经验来看，英美德等国家都没有中国科学院这样大而全的科研实体，国立科研机构都是专业化、分散性的，往往集中在某一个或者某些研究领域，一般的研究机构只有三四百人，大一点的也不过上千人，相对较小的规模有利于建立相对简洁的组织结构，从而提高内部管理的效率，便于监督，可以避免规模过大、组织结构复杂的研究机构诸如人员臃肿、权责不分、责任不明和人浮于事的弊端。
因此，要打破条块分割和降低科技行政成本，取消中科院是迟早要进行的。取消中科院后，其下属的研究机构要在保持其科技实力不变的情况下进行重新的整合，首先是按照军口和民口分开的原则，再是按照研究领域的不同分归相关部委或者下放地方或者划归有关高校进行管理，彻底打破中科院一直以来作为单独的一部分特殊科研系统造成的分割；解散中科院的研究生院，按照专业特点划归不同的高校。
对于人文社会科学领域的所谓的“最高学术机构”的中国社会科学院的改革完全可以参照对中科院的改革举措进行。
3.解散国务院发展研究中心，下属研究所与其他研究机构合并。
国务院发展研究中心是直属国务院的事业单位。主要职责是研究国民经济、社会发展和改革开放中的全局性、综合性、战略性、长期性问题，提供政策建议和咨询意见。因此国务院发展研究中心的功能定位是为政府提供咨询和政策建议，具有顾问性质。
国务院发展研究中心定位于为政府提供综合性的咨询，但是综合的后果就是机构规模过于庞大，存在与中国科学院、社科院基本相同的问题。并且中心很多研究与其他国立研究机构重复设置。我们的改革建议是解散国务院发展研究中心，其研究部和下属研究所可以按照研究领域分到各个部委，与部委研究机构合并；挂靠单位，例如出版社、基金会等实现社会化；核心研究部门可以与国务院研究室合并；或者参与组建国务院科技顾问委员会或者经济顾问委员会，真正发挥国务院发展研究中心的政府咨询和政策建议职能。
4.剩余的国立研究机构，涉及到极少数基础研究和国家安全研究的，由国家来养，要养好；其他的要引入竞争机制。
对于国立研究机构把应用开发类机构剔除之后，剩余的基础研究类和公益研究类研究机构，还要继续进行体制改革，减少国家拨款和直接经营机构的比重，保证国家该养的要养好，不该养的要坚决引入竞争。
如果对基础研究和公益研究类机构进行细分，我们可以看到大部分的基础研究、高技术研究、甚至某些军事技术的研究，不涉及国家安全，有一定的成果转化能力的，都可以引入竞争机制，可以采用项目竞争申请和合同管理的方式；而需要国家养的只有从事国防性的（如核武器）、需要巨额投资、风险大到民营部门不敢介入、以及纯粹公益性（如马克思主义研究）、民营部门不愿意介入的研究。
因此对国立研究机构，改制与保留必须并存。因为上述这些研究机构必须采用国家直属、财政拨款才能保证其正常运行。但是这类机构当然应该是越少越好，这样才能保证科技投入不过度分散，机构自身不必为到处争取经费和课题而伤脑筋了，政府也可以有足够的能力管理好这些研究机构。其他种类的研究机构则必须要引进竞争机制。转制是必然的，只不过转为何种体制尚有待研究，可以采用美国的国有民营体制，可以采用混合经济制，有些公益性研究所也可以推向行业协会管理等。
至于转制的比例，我们不能简单下结论，但是根据国外的经验，国立研究机构的数量在整个科研体系中的比例都是非常低的，如果根据研究机构从业人员数目衡量，我们所研究的英国、美国、法国、日本和俄罗斯国立研究机构从业人员比重是我国这一比重的一半。事实表明，这么少的研究人员完全可以担当起国立研究机构的研究任务，那么中国的国立研究机构中，直接吃国家拨款经费的人员完全可以大量减少，至少减少一半。
除了减少从业人员数量之外，国立研究机构的规模也不宜过大，可以借鉴英国的经验，每一个研究机构从事特定领域的研究，人数在三四百人左右，并且尽量减少固定编制的研究人员，增加兼职和流动性的研究人员，相对较小的规模可以发挥船小好掉头的优势，便于管理，提高研究效率；而流动性的人员设置可以不断为研究机构增加新鲜血液，并且人员的流动可以避免固定编制下可能出现的诸如职位升迁、人际关系、福利待遇等人事纠纷；研究人员在国立研究机构、大学和其他类型研究机构之间的流动也有利于研究人员互通有无，吸取各种养分，提高研究人员自身的素质。当然对于一些涉及国家安全的研究项目，在人员的选择和分配上要适当慎重。
5.取消科研院所的研究生招录培养权和学位授予权，使其更多致力于对青年学者而不是学生的培养。
我们国家科研院所的一个突出特色是几乎所有的科研院所都有研究生的培养计划，甚至有些军事研究机构都招收研究生。而据我们的研究，发达国家的科研机构都没有什么招收研究生的，因为这些国家科研机构与大学教育的分工非常明确，大学集中于高等教育，而研究院所致力于学术和应用性研究，招收并且培养研究生是大学的职责，而研究院所则是受过高等教育的人学以致用的场所。
而在我国，科研院所越来越多地向大学的职责范围延伸，当社会上对硕导、博导的炒作越来越火热的时候，科研院所的学位授予点也越来越多了。科研院所的主要功能是进行科学研究而不是教育，它的体制安排也是有利于科研而非教育，在这样的不利条件下，科研院所却非得勉强进行硕士和博士的培养，甚至有些军口的科研院所也纷纷设立硕士、博士点。一种考虑是为了提高单位和个人的知名度，学位点的多少，已经成为了衡量一个科研机构质量的指标了，许多机构为争取这一指标零的突破，拼命出高价聘请院士、博导，岂不知为学术腐败推波助澜；硕导、博导的名号如此响亮，由此带来的利益更不必多说，如果有了学位授予点，可评的硕导、博导的额度自然就多，所以即使不具备培养条件也要申请培养硕士、博士；另一种考虑是出于直接为单位带来的利润收入，中国的人才消费畸高，造成对高学历的大量需求，有需求自然就会有人努力创造供应，授予硕士、博士学位的行为无异于售买文凭。于是科研院所在没有科学的课程安排、缺乏教学软硬件的条件下，在广大导师忙于科研无暇指导的情况下，大批的低质“产品”出炉了，这也是现在高学历泛滥、迅速贬值的原因之一。所以，取消科研院所的学位授予制也应纳入科技改革的范畴。
我国的科研机构应该更多地借鉴发达国家的经验，取消对研究生的培养，代之于为青年学者和有志于学术研究的学生提供一些短期培养计划、博士后项目、访问学者项目等，为他们提供更多的实践机会。
6.大幅度砍减（至少一半）有着国家工程中心、国家研究基地、国家重点实验室之类称号的研究机构。
国家工程技术研究中心、国家研究基地、重点实验室之类的研究机构的设立最初是为了解决基础研究经费投入不足的难题，希望集中科研资源，增加对基础研究的投入。由于这些研究中心在政策、经费使用等方面的种种“特权”，各部委、省市、研究部门甚至高校都竞相争建，短短十几年的光景，有了120个国家工程技术研究中心、159个国家重点实验室。事实上，这些急剧膨胀的研究中心不但分散了科研资源，没有达到集中科研经费的目的，而且成为一些单位、机构争取所谓的“学术地位”的工具。
因此，就加强基础研究而言，具有开放性的重点实验室虽然有利于集中分散资源，但是，不是所有的领域都需要搞这种形式，国家重点实验室就应突出“重点”，限定数量。现存国家工程技术研究中心、国家重点实验室必须大量砍掉，只保留涉及国家安全的、纯公益性的和民营部门无力介入的。从国外科研机构体制的变革过程可以看出，培养民营科研力量是发展科学技术的关键，民营科研机构应成为国家科研机构体系的主体，因此我国应该设计更为长远的方案，科学运用政府资金，动用各种经济、政策调控手段，培育新兴的民营科研力量。
7.绝大多数军口研究机构要实现军转民，基本上除了核武器研制、远程导弹研制外，其余均可放开。
军口科研机构的转制包括军口转向民口国立或者转向民口民营，剩余少量军口研究机构也要转向军民结合，以民养军，彻底打破军民研究之间长期的人为割裂。军口要实现公开化，研究过程可以保密，但是研究对象和研究领域完全可以公开。要明确的一点是，放开、转向民口并不等于会失密，我们现在很多军事情报的失密是因为内部管理不善，与是否民营无关，民口的研究一样可以实行严格的保密措施，关键是必须从制度上完善监管，改变现存的“外紧内松”的状况。
对原有的军口研究机构进行整合的主要具体措施应包括：（1）划分不同类型研究所，进行分类转制。对于已经不适合现代国防科研要求的或者与民口重复设置的院所，要彻底从军口中脱离，推向市场；主体为民用研究，具有部分军用技术研究职能的研究机构，尽量完成向民用研究机构的转变；主体为军用技术研究的院所，又分为二种情况：对国家的安全有十分重大影响的研究所，可以继续留在军口，而其他的在民口也完全可以进行管理的研究，或者军民通用技术的研究，应转向民口国立，或与民口的相关研究院所合并，打破军民口长期以来的各自为政、重复设置。（2）保留的军用研究机构，国家在经费上应保证其充分性，但是院所自身要积极进行内部机制的改革。一是，可以在军用科研任务完成的基础上，鼓励民用科研的发展，如利用已解密的军用技术为民用服务，逐步实现以民养军的良性循环；二是，打破“大而全，小而全”的模式，划分不同种类的研究，对于核心技术要保证掌控好，一般性专业技术则要放开，以合同的形式尽量由国有国营或国有民营研究机构承担。
8.国立研究机构应建立理事会（决策）、执委会（执行）、监委会（司法）及咨委会（社会制约）多方制衡的自我管理体系。
我国国立研究机构实行的是党委领导下的（院）所长负责制，所长是具有一定行政级别的国家干部，严格遵守党管干部的原则，并接受上级管理部门的审计考核。在重大问题的决策上，所长需主动征求党委会意见，接受党委会监督。在原有体制下，过多的行政干预和审议评议严重影响了科研效率。
建议取消所有研究机构的行政级别，党委的领导限于政治方面，借鉴发达国家的经验，建立多方制衡的自我管理体制：理事会是决策机构，理事长和理事可以由上级主管政府部门通过公开选拔任命，有一定任期，最长5年，理事会成员不具有任何行政级别；执委会作为执行机构负责经费使用、对外联系、学科建设、日常管理等。政府对机构主要发挥监督作用，政府代表可以参加监委会和咨委会，这两个司法和社会制约机构还应更多地体现其社会性，除政府代表、研究人员外，还需要吸收学会、民营研究机构、企业甚至普通民众的代表，并给予他们充分的话语权。
9.停止科研人员延长退休年龄的做法，鼓励55岁以上的研究人员提前退休。
按照美国巴特尔研究所研究结论，一个人年龄与智力是一个很复杂的函数关系，综合能力的高峰在45岁，之后就逐渐衰退。根据现代心理科学对人的年龄与智力的相对关系的探索揭示，进人成年后，人的知觉、记忆力、动作和反应速度随着年龄的增长而下降，而比较和判断能力在中年达到最佳状态，以后逐渐下降，只有极个别人可以有限度例外（艺术文艺界有少数例外）。科研人员到达一定年龄阶段后，他们的创新能力、进取意识以及接受、领会新知识的能力都会下降，为了保持科研机构的创新性，必须停止延长科研人员退休年龄的做法，而是培养、引入更多的中青年学者，不断补充新鲜血液。
事实上，国立研究机构人员老龄化的弊病在发达国家也存在，可以借鉴法国、日本等国的改革经验：建立鼓励研究员提前退休的机制，主要是提前退休的激励措施，鼓励55岁以上的科研人员提前退休；广泛建立任期制，改变研究人员的终身雇用制，普遍实行公开招聘制度，保证每年的招聘率达到一定的比例（法国为2.5％）；建立兼职和短期合同制，鼓励研究人员兼职，保持研究机构的流动性。
注释：
[1）数据