综合运用纪律处分和组织处理加大对违法违纪干部的惩处力度，是贯彻党要管党、从严治党方针的重要体现，是从严执纪、发挥党规党纪惩处作用与发挥党组织自我调整功能的最佳结合点，也是惩处与保护相结合，贯彻宽严相济政策的必要手段。胡锦涛总书记和吴官正同志在中纪委五次全会上对这一问题都提出了明确要求和具体部署。多年来，各地在综合运用纪律处分和组织处理方面进行了大量的实践，取得了一些成效，但从目前情况看，还存在一些亟待解决和规范的问题。
一是两种手段运用比例失调，组织处理较少。从党员干部队伍的现状看，受组织处理的人数不应太少，尤其是受纪律处分与受组织处理的党员干部比例不应太悬殊。但从抽样调查情况下，各地在查办案件中，给予纪律处分的较多，兼以组织处理的较少，少的不足纪律处分的1％，多的也不超过15％。组织处理比例过少，致使惩处的维度不够，减弱了惩处的力度。二是主观认识有误区，存在重纪律处分轻组织处理现象。存在习惯于纪律处分、不习惯于组织处理现象。有的认为干部存在的问题不严重，构不成违纪或违纪较轻，存在保护干部心理，不想进行组织处理；有的认为组织处理比一般的纪律处分更“严重”，牵扯面大，处理有难度，不愿进行组织处理；有的由于组织处理的牵头部门和责任人不清楚，对组织处理又缺少硬性要求，提出组织处理抹不开情面，怕得罪人，怕留后遗症，不敢进行组织处理；有的感到处理依据不充分，实施组织处理程序、形式、标准不好把握，不便进行组织处理。
三是机构不明确，且机构间缺少沟通协调，使组织处理工作不能顺利开展。对干部尤其是违纪干部进行组织处理，涉及多个机构，目前在处理操作上，尤其是组织处理提出环节没有明确由哪个机构负责。因此，有的案件尤其是一复杂案件，由于调查核实时间较长，又受案情保密等因素影响，执纪执法机关与组织部门之间缺少沟通，造成组织处理提出不主动、沟通不及时、协调不到位、效果不够好。有些应处理没处理，有些处理不及时，有些处理不适当。
四是制度建设滞后，组织处理工作尚不规范。组织处理工作是一项政治性和政策性都很强的工作，可是，目前在《党章》、《党纪处分条例》等一些党内重要的法规文件中，关于组织处理的规定都很笼统，尤其是缺乏可操作性和量化标准，实施组织处理的机构、程序、形式、标准等往往无章可循，致使组织处理行为不够规范。因此，现在党内亟需制定出台有关组织处理方面的专门的规定性文件。
五是缺乏监督制约机制，使组织处理落实没有保障。由于缺乏制度性监督制约保障，对组织处理中出现的一些现象，如应处理不处理、不应处理而处理、处理不及时、畸轻畸重、处理不落实等等，无法进行责任追究，组织处理行为基本处于一种自律状态，使组织处理工作质量缺乏必要的保证。
强化和规范组织处理工作，必须做好以下几点：一要正确认识组织处理的重要性和必要性，理顺组织处理与纪律处分的关系，发挥组织处理在惩处方面应有的作用，加大纪律处分和组织处理的综合惩治力度。二要建立和完善组织处理的沟通协调机制。按照组织人事管辖权限，划分权责，明晰分工，健全联席会、协调会等组织处理的有关沟通协调制度。三要建立健全监督制约机制，加强对组织处理工作的监督力度。要明确责任，建立监督检查和责任追究办法，确保组织处理行为的实施和组织处理结果落到实处。四要尽快制定出台组织处理的相关制度和实施办法。明确组织处理的牵头部门、程序、标准、方法、形式、适用范围以及协调机制等，使组织处理工作做到有章可循、有据可依，使组织处理工作尽快走上制度化、规范化轨道。