乡镇事业单位在过去的计划经济时期，在为农业生产服务、农民生产生活、促进农村各项社会事业发展等方面都发挥了不可替代的作用，履行和完成了大量的工作，可以说是功不可没。在社会主义市场经济体制已经建立并不断完善的现阶段，由于历史的原因、现实的体制限制和众多的客观因素，乡镇事业单位的发展和生存都遇到了一些困难和障碍，这主要表现为业务萎缩、服务滞后、机构庞大、队伍臃肿、生存难以为继。面对这种状况，很多基层干部包括一些乡镇事业单位人员甚至一些政策研究人员，都产生了很多的困惑和怀疑，比较有代表性的就是,乡镇事业单位过去的“无为论”、现在的“包袱论”、未来的“消失论”。“无为论”，看到的只是乡镇事业单位过去的一些扰民、乱收费、强制服务、加重农民负担等负面问题，对过去的成绩和曾经的贡献视而不见；“包袱论”，看到的只是现在的机构庞大、人员过多、财政不堪重负的一面，看不到乡镇事业单位现有的人力和技术的存量资源；“消失论”，则更是形而上学地、片面地理解市场经济体制下市场化的含义，忽视了我国是一个农业大国、农业是基础和薄弱产业的基本国情，忽视了胡锦涛同志的“两个趋向”的论断以及党和国家对农业农村工作的一贯的方针政策，不加分析地否定计划经济形成的乡镇事业单位的现实作用，机械地、错误地将政府的公益性职能市场化，对乡镇事业单位的未来作用和地位全盘否定。
克服和纠正这些认识上的偏差，一方面是要正确认识和充分肯定乡镇事业单位的历史作用和贡献；另一方面是要认真分析社会主义市场体制下，农村社会发展、农业生产经营、农民物质文化生活的现实需求和未来需要，同时，按照政事分开、政企分开的要求，分析和理解在市场化进程中，政府为农业农村发展提供公共服务的服务内容、服务方式，如农业新技术的推广、农业灾害预测与预警（包括自然灾害、病虫害、畜牧防疫等）、人口与可持续发展、资源与环境保护、群众文化生活与意识形态领域的宣传与引导等等，这些服务既有公益性——是政府必须承担的职责，又有其特殊的技术性——是政府不可能包揽的专业性工作，在这种矛盾的情形下，政府必须依靠另一种具有专门技术的组织机构来承担和完成这些专业性工作，这就是乡镇事业单位未来的主要任务和重要的发展机遇。随着社会主义市场经济体制的不断健全和完善，在市场机制对资源的基础性配置作用下，乡镇事业单位也必须尊重并按照市场经济的客观规律，把握改革趋势，准确角色定位，明确职责任务，抓住机遇，自我发展。准确角色定位，就是要转变乡镇事业单位角色，将乡原来承担和履行的行政性职能收归乡镇政府和县市政府部门，从“二政府”的角色中解放出来，集中精力干好自己的“本份”——服务。这种服务主要包括两个方面：一是接受政府委托，做好公益性服务，这些公益性服务由政府委托并支付成本和费用，由公众受益；二是接受个体委托，开展个别或特殊的服务，即非公益性服务，如针对特定对象开展的技术指导和咨询、相关的经营性活动等。
二、准确把握乡镇事业单位“三化”改革的基本内容
乡镇事业单位实施“企业化、市场化、社会化”改革，是适应不断完善的市场经济体制的需要，也是乡镇事业单位在新的形势下自我生存、自我发展的需要。企业化，是对乡镇事业单位体制和机构性质的界定；市场化，是对乡镇事业单位运行机制和运行方式的界定；社会化，是对乡镇事业单位发展方向的界定。三者相互联系，相辅相成。
企业化，就是要求乡镇事业单位作为真正意义上的市场主体，以法人主体资格和主体地位，独立承担各种服务职责和其他的经营权利，不再作为乡镇政府的二级单位，与乡镇政府不再具有上下级的行政隶属关系，而是以经济、法律的手段规范相互之间的平等关系，在职能上、体制上实现政事分开。
市场化，就是将乡镇事业单位承担的各项服务职责进行科学分析，科学界定，将其中的应该由政府（公共财政）承担的公益性服务事项，以政府“付费”、“购买”的方式，用合同和契约的办法，委托给乡镇事业单位办理，实行市场化运作。乡镇事业单位按照约定履行和完成公益服务任务，政府根据约定和公益服务事项完成情况支付费用，以此形成乡镇各项公益性服务“有人出钱、有人办事并能把事办好”的机制，实现由“以钱养人”向“以钱养事”的转变。同时，对乡镇事业单位承担的其他非公益性职责，全
部推向市场。
社会化，就是发挥和体现市场机制对乡镇事业单位资源和要素的基础性配置作用，这种作用主要有两方面：一是通过市场的基础性调节作用，整合乡镇事业技术、人力等资源，强化功能，比如乡镇事业资源合理的自我流动，机构组织的重组，相近业务机构的综合设置，按经济发展程度和市场需求机构组织的区域化设置等。二是在市场发育比较成熟的条件下，政府对公益性服务的委托对象将不仅仅限于本乡镇的这些机构组织，而是可以综合考虑质量、效益、成本等因素，按照统一、开放的市场要求，进行跨行政区域的委托，从而促进乡镇各类服务性机构组织的公平竞争，增强活力，实现良性发展，促进政府公益性投入的效益最大化。当然，在乡镇事业改革刚刚起步的现阶段，一方面这种社会化程度的发育尚不够，在资源的整合和机构组织的设置方面，还需要一些必要的指导和引导；另一方面，本着逐步改革、扶持发展的原则，在公益服务的委托上，可以也有必要暂时实行定向的委托，逐步增强其自我发展的能力和活力。
三、审慎破解乡镇事业单位“三化”改革中的难题
乡镇事业单位“三化”改革进程中，突出存在三个方面的现实难题。一是观念难转变，主要是乡镇事业单位由事业单位改为企业或社会中介组织后，事业人员由“单位人”变为“社会人”，多数人员心理落差大、社会压力大，容易产生对改革的抵触情绪、逆反心理，甚至引起不稳定问题。二是身份难置换，主要是相关的配套政策特别是乡镇事业单位“三化”改革的配套政策不明确，目前最突出的问题是个人的社会养老保险问题，未实行养老保险金制度的地区，如何解决这些人员的后顾之忧，将面临着巨额的资金补贴等实际问题；已经实行养老保险金制度的地区，转制后也面临着确定新的缴费类别、缴费标准以及如何转制前的欠费问题等。三是债务难化解。乡镇事业单位债务沉重是一个普遍问题，这些债务的形成，有的是因为由于管理不善，有的是因为盲目经营，有的是因兴建办公或经营场所而集资甚至贷款，还有的因为欠发职工工资。在乡镇事业单位转制中，如何化解这些债务成为一个现实而又棘手的问题。
破解乡镇事业单位“三化”进程中的各种矛盾和问题，必须把握改革目标，坚持分类指导，探索多种改革形式，完善配套政策。
首先，要从认识上正确把握“三化”改革的目标，不能简单地将乡镇事业单位改革目标定位在减人、减支、减包袱上，单纯地以眼前的“减”来恒量改革的必要性，而要将目标定位在通过“三化”，盘活乡镇事业单位资源，增强服务功能和活力，促进农业生产和农村社会各项事业更大发展这个大目标上，统一思想，坚定信心，积极稳妥地推进改革。
第二，要坚持分类指导原则。要防止“一刀切”，防止操作上的“一化了之”。各地区之间以及本地区各乡镇事业单位之间的情况千差万别，既有发展的差异，也有人员、技术、业务等方面的差异。要在“三化”改革的总目标的指导下，把握关键环节，做到具体单位、具体情况具体分析，分类指导。如在企业化问题上，可以根据转制事业单位的具体情况，分别改为企业或民办非企业组织，或其他社会中介组织。在机构的组建方式上，可以是成建制转制，也可以引导其中的部分人员通过合伙、入股、联合等方式组建，也可以通过横向联合联营的方式进行组建。特别是在机构的综合设置上，可以通过引导，将业务相近的一些站所的人力、技术等资源进行整合，如农技站、水产站、特产站、农机站、畜牧站的综合设置，文化站、广播站的综合设置等。在市场化环节上，要科学界定公益性服务职责的范围、项目，逐项确定量化标准，为按事付费提供科学的技术保证。
第三，探索“三化”的多种实现形式。目前，基层和政策研究人员比较敏感的一个问题是关于“企业化”的问题，这也是一个认识上分歧比较大的问题。解决这个问题的关键是，要按照实事求是思想路线，在实践中探索“企业化”的多种实现形式，不能将“企业化”僵化地图解为仅仅是“企业”这一种机构形式，可以按照企业性的机构组织基本要素的要求，进行多种机构形式的探索。比如，对具备直接改为企业组织的乡镇事业单位可以直接改为企业组织，到工商部门办理法人登记；适合改为民办非企业组织的，改为民办非企业组织到民政部门办理法人登记；适合其他社会中介组织的，到工商或民政部门办理法人登记；对一时不能改变其事业单位性质的，也可以按照企业化管理的事业单位的这一类机构形式，到机构编制部门重新办理企业化管理的事业单位法人登记，按照企业化管理的要求进行规范和运作，同样可以以独立的法人主体资格享有权利、承担义务，履行服务，开展经营。
第四，完善配套政策。一是要制定和明确化解乡镇事业单位债务的政策，对乡镇事业单位经营性的债务，可以考虑参照《企业破产法》的有关规定进行清算、化解；对其他债务，可以按民事关系的有关法律规定进行债务的转移，如应该由财政承担的欠发工资，可以确定一定的期限，由乡镇、县市以及上级财政分别负担、偿还，职工用于单位集体的集资，可以通过变买、拍买集体资产的方式予以偿还。二是制定乡镇事业单位人员身份置换的有关政策，一方面，可以考虑由中央、省、市、县四级财政出资，实行身份“买断”式的置换，同时也可以考虑，由各级财政分担支付这些人员达到法定退休年龄前的养老保险金的方式作为身份置换的补偿或保障，解除其后顾之忧，为其自谋职业提供基本养老保障。三是明确乡镇事业单位人员转制后的养老保险金的配套政策，可以考虑将这部分人员的养老待遇划分为两个部分，转制前按事业单位人员缴费并享受事业单位养老保险待遇，转制后按企业或社会人员的标准缴费，达到法定退休年龄后，综合其两个阶段的缴费标准享受相应的养老金发放待遇。