创新选任机制。实施“农村党支部书记工程”的成效如何，关键取决于选准配好村支书，使之真正成为“三个代表”重要思想的宣传者、实践者、推动者。为此，各级组织人事部门要拓宽选人视野，创新选人办法。一是依据《党章》、《村民组织法》等规定，大胆选用在群众中威望高、发展上能力强的人。二是打破地域、身份和资历等界限，面向社会选用创新型人才，尤其是注重选拔致富能手、复转退军人、企事业单位管理人员、优秀大中专毕业生当“村官”，充分利用他们有知识、懂技术等优势，带领群众共同富裕。三是针对有些村党支部人才缺乏的问题，从县、乡选派发展意识强、有技术专长、熟悉农村工作的同志到村任职。四是让那些工作能力强、致富本事大的村干部跨村任职，实行强村带弱村、富村带穷村。在选好配强现任村支书的基础上，下功夫培养后备力量，解决农村普遍存在的党员年龄偏大、村支书后继乏人的问题。 创新培养机制。村支书要发挥出应有作用，必须具备较高的思想政治素质和科技文化素质，特别是带领群众致富的本领。由于村支书队伍主要来自农村党员，不同程度地存在着思想保守、视野狭窄、信息不灵等问题。加强培训，是提高村支书综合素质的重要途径。一是加强理论和各类知识的教育培训。以市、县、乡党校为阵地，构建党校培训网络，组织村支书学习邓小平理论和“三个代表”重要思想，学习市场经济知识以及科学技术、法律法规、经营管理等知识。二是加强经验交流。在交流中互通信息、开阔视野，取长补短、相互提高。三是实施“走出去”战略。组织村支书外出学习锻炼，达到学会一项技术、引来一个项目、带回一批信息、输出一批农民的目的。通过学习培训，强化村支书的宗旨意识和群众观念，树立科学发展观和正确政绩观，为农村发展、农民致富带好头、领好路，让自己受教育，让群众得实惠。
创新激励保障机制。实施“农村党支部书记工程”，目的在于通过机制创新，把农村基层党组织建设工作纳入科学化、规范化和制度化的轨道。为巩固活动成果，需要创新激励保障机制。一是建立报酬制度。把提倡奉献精神和解决物质待遇结合起来，把村干部应有的物质待遇落到实处，增强村支书岗位的吸引力，解除村干部的后顾之忧，使他们全身心地投入工作。二是完善工作设施。加大财政投入力度，确保农村开展工作所必需的物质条件，如村室、党员活动室和电教设施等。三是建立考核奖惩机制。把村支书的责权利与工作绩效和奖惩有机结合起来，对成绩突出的大力表彰，对特别优秀的提拔重用，让想干事的有舞台、干成事的有地位、干不好的有压力。四是严格监督制度，规范村支书的工作。坚持定期考核和汇报等制度，增大工作的透明度和群众的信任度，在强化群众监督中提升村支书队伍的整体素质。