（一）初查中有局限性的侦查手段对保证案件质量不利 初查是当前检察机关在查处职务犯罪过程中的一个必经环节，其制度上的根据是高检院颁布的《人民检察院刑事诉讼规则》，在这部规则的“立案”一章明确规定了“初查”一节。但这一制度在《刑事诉讼法》中并没有明文体现。现实中，检察机关对职务犯罪的初查活动采取的是通过“进行询问、查询、勘验、鉴定、调取证据材料等不限制被查对象人身、财产权利的措施”来确认举报、控告等材料提供的情况是否有犯罪事实需要追究，这一活动实质上已基本履行了刑诉法中所规定的“侦查”手段。因此，在高检院制定初查制度中由于初查活动的非法定性，便对初查手段做出了一定限制，即，“不得对被查对象采取强制措施，不得查封、扣押、冻结被查对象的财产”，从高检院此规定的本意看，这样是为了把初查活动对被调查对象的影响降到最小。而恰恰是这种有局限性的调查手段，对职务犯罪案件的侦破带来了许多负面影响。
（二）收集运用证据时，人为的缺陷难以保证办案质量
主要有五种表现，一是，没有围绕犯罪构成收集证据。二是，收集证据不够客观、全面。三是，证据固定工作不到位。四是，违反法定程序收集证据。五是，证据制作、审查中，书记员与讯问、询问人员、侦查人员与审查起诉人员配合不够。
(三)证明标准与规则的概念化难于实际操作
一是，刑诉法中证明标准的规定的抽象化，实践中很难把握。二是，证据规则粗疏不全。三是，技术侦查手段检察机关不能采用，一些关键性证据的取得难度大。
（四）目标管理评价手段的过分强调，导致观念进入误区
当前各地基层检察机关自侦部门在进行宣传和目标管理评比中，普遍将自侦案件立案数量作为工作成绩的重要衡量标准之一，甚至为每年的工作量化任务，这是不符合侦查职务犯罪案件的客观规律的。在撤案率的严格控制上，上级院在考核基层院工作中往往要求把撤案率控制在很低的水平，这是和“严把质量关”的要求一脉相承的。这种认识是错误的，撤案、不起诉等都是刑诉法赋予检察机关的在案件终结后的处理手段，撤案说明案件不符合起诉的标准，是一种正常的司法活动和程序，把撤案和办案工作质量相联系，认为撤案多即是工作不负责任的表现，是不正确的，也是不符合案件侦查客观规律的，在要求提高立案质量上，要达到数量和质量的统一。这一提法从现在的侦查环境下看是有道理的，但是，它的负面作用也是非常大的，提高立案质量的突出后果之一，便是加大了初查工作量，而初查工作越多，导致侦查权的非法使越显得严重，违法的机会也就越多。
（五）当前自侦工作在社会上得不到有效的支持
近时期以来，自侦部门根据群众举报就某一基层干部涉嫌经济问题的线索进行调查，在已经和基层有关部门取得联系的情况下，却又被告知要查询财务帐册必须征得某领导同意，否则不予配合。之所以有这种情况主要表现在以下几个方面。一是，地方利益驱动只顾眼前利益。二是，个人情面为重，多一事不如少一事。三是，利益均沾，共同进退。四是，息事宁人，力求一团和气。
二、提高自侦案件质量效的有效途径和方法
（一）建立侦查指挥中心，强化上级对下级的领导是保证自侦案件质量效果的主要手段之一
建立侦查指挥协作中心是检察机关六项改革中的重要内容，这对检察机关加强对职务犯罪检察工作的领导，更好地发挥侦查效能，提高案件质量和效果，强化法律监督职能有着重要的意义。指挥中心的建立和统一协调的侦查指挥协作，对确保检察机关更好地发挥侦查职能，提高案件质量有着重要的作用，其表现为：１、有利于加强对自侦工作的领导，发挥侦查效能。２、有利于加强对下级自侦部门的业务指导。３、有利于克服地方保护主义。４、有利于节省侦查成本，提高办案效率。
（二）审讯犯罪嫌疑人注重方法和策略，对提高自侦案件质量效果具有至关重要的作用
审讯犯罪嫌疑人是侦查机关为了证实犯罪、查明犯罪人的一种侦查措施，是每个案件侦查程序所必须的。它一方面使犯罪嫌疑人获得行使辩护权的机会，另一方面也是侦查机关获取犯罪嫌疑人口供、审核其他证据、查明案情的需要。
通过犯罪嫌疑人口供,可以发现犯罪嫌疑人犯罪行为的前后过程、作案意图等，从而判明其主观恶性态度。但是，应当看到，在没有掌握犯罪嫌疑人犯罪行为的主要证据的情况下，犯罪嫌疑人是不会轻易交代犯罪事实的。因此，采取正确的方法和策略审讯犯罪嫌疑人直接关系着办案质量和效果，审讯中应注意以下几点：
一是，认真做好首次审查讯顺犯罪嫌疑人工作。第一点，选择适当的讯问地点。第二点，掌握犯罪嫌疑人的心理变化，熟悉案情，选准突破口，采取适当的讯问方式。
二是，制定一个好的审讯方案。对如何进行审讯进行全面的统筹安排，进行
有目的，有重点，有步骤的谋划运筹，目的是对审讯活动和案情的发展变化要有预测性，要有准备。在制定方案时，应考虑到有临场的应变性，临场的不同变化使用不同的审讯方案，需要多种方案组成的审讯体系。在一种方案不能达到目的时，再更换另一种方案，保证审讯的顺利进行。①从方案的制定上要有针对性。第一，对被审讯人的针对性是指针对不同的审讯对象，采用不同的审讯方法。第二，对被指控的犯罪事实的针对性。对待检举指控所涉及的情节、事件，应本着不捕风捉影、主观臆断、先入为主，而是以事实为依据，以法律为准绳，以真实性、可靠性为基础的针对性。②同时对审讯方案的制定还要有谋略性。这是战胜对手的客观需要，审讯活动虽属语言的交流，而实质上是面对面的较量，是智斗的过程，要达到惩罚犯罪的目的，必须计高一筹。③在制定计划时要有周密性。一环紧扣一环，不要留“死角”“盲区”，主要问题谋划好，细节问题不能疏漏。在很多的时候问题出在细节上，对每个细节都要周密的筹划，让犯罪嫌疑人无空可钻，无路可退。
三是，注重下台有阶。人都有自尊心的，有的犯罪嫌疑人不愿当众承认自己的错误，一旦有了错误被当众暴光，就会感到难堪，甚至会出现恼怒对抗，来维护自己的错误，如果给对方一个下台阶，把对方的错误变通一下，就会有意想不到的效果。他就会按照你为之设置的变通路子走下去，默认自己的“错误”，以此来达到使对方既承认“错误”又保住了面子。给下台阶是审讯策略中的重要手段，它常常用于对处于交代还是不交代的十字路口的犯罪嫌疑人说服教育上，效果较好。
四是，选准使用证据的时机，灵活掌握使用证据的方法。使用证据的方法：1、直接出示。这是对那些态度蛮横、拒不认罪的犯罪嫌疑人，在证据可靠而且直接的情况下使用。2、暗中点破。即在讯问时，不直接出示证据，而是点出证据的某些内容和情节，使犯罪嫌疑人明确意识到我们已经了解情况、掌握了证据而不得不交代罪行。此方法适用于那些对认罪与否处于动摇犹豫状态的犯罪嫌疑人。3、连续打击。即针对有关证据作统一安排，然后依照讯问的逐步深入，与所提问题相适应，连续将证据提出，使犯罪嫌疑人无喘息考虑的机会。此方法适用于那些顽固狡猾的犯罪嫌疑人。
五是，及时与有关部门联系，排除犯罪嫌疑人的“关系网”打消犯罪嫌疑人的幻想，获取口供。
（三）建立检察内部侦诉协同制度，对保证自侦案件质量具有很强的指导意义
一是，体现侦诉目的一致性。牢固树立侦查职能和公诉职能的本质都是完成指控犯罪的观念，指控犯罪不仅仅是公诉部门的职责，也是侦查部门的职责。因此，侦查部门应以指控犯罪、惩罚犯罪的成效来衡量侦查工作的质量，而不是以案件的立案、侦查终结、移送审查起诉作为衡量侦查工作质量的标准，更不能以案件移送审查起诉作为侦查工作任务的结束。案件是否符合起诉条件，能否顺利下判，判决的质量如何，侦查环节收集、固定的证据是基础，审查起诉、出庭公诉环节的补充侦查是保障。据此，具体可规定：（1）职务犯罪案件的起诉定罪率、侦查终结和起诉的准确率是检察机关办理自侦案件质量的重要标准。自侦案件的质量责任由该案的侦查、公诉人员共同承担，并同等接受关于办案质量的考核、奖惩。（2）公诉人员要主动提前介入侦查活动，积极发挥引导、指导侦查活动的作用。（3）对自侦案件的补充侦查，是侦查、公诉人员的共同责任。在案件判决生效前，侦查人员始终承担着侦查任务。（4）在法庭公开开庭审理职务犯罪案件过程中，负责侦查该案的侦查人员，应当到法庭参加旁听。针对辩方的举证、质证内容，在法庭未作延迟审理的情况下，侦查人员要主动、随时为公诉人员提供新的控诉证据。
二是，体现侦诉阶段的协调性。一方面是公诉活动要向前延伸，公诉人要提前介入侦查活动。具体可规定：（1）侦查部门在立案后、至迟在案件侦查终结的前几天，通知公诉部门委派人员提前介入侦查活动，听取案件侦查情况介绍，审阅案件资料。（2）参与提前介入侦查活动的人员，应当发挥引导、指导侦查活动的作用。根据出席法庭支持公诉的需要，通过听取介绍、审阅资料，及时、明确地提出关于应当继续侦查的内容和方向的建议，提出需要补充侦查的问题和要求，提出办案中存在的缺点和改进意见。（3）侦查部门或负责侦查的人员对提前介入侦查活动人员提出的审查意见，必须认真、及时办理。另一方面是侦查活动向后延伸，主要是通过补充侦查和向公诉部门提供法庭审理所必须的证据材料实现的。具体可规定：（1）案件移送审查起诉后，一般由提前介入侦查活动的人员负责审查起诉、出庭公诉，并尽快结案。又出现事实不清、证据不足等需要补充侦查情形的，由审查起诉的人员自行或为主进行补充侦查，侦查部门人员予以配合。（2）在开庭审理时出现翻供翻证等事实证据发生变化情况，可能影响事实认定或定罪量刑的，应当由侦查、公诉人员共同负责进行补充侦查。在庭审进行时，首先由侦查人员负责实施补充侦查活动，扎实有效地开展庭上、庭下的“两条战线”的工作。公诉人员认为必要时，可以要求法庭延迟审理。
三是，体现侦诉活动同步性。要求侦查和公诉工作同步进行，其实质是要求侦查部门和公诉部门在各司其职的前提下强化配合，使侦查中的收集、固定证据能够满足法庭上指控犯罪的需要。具体可规定：（1）侦查和公诉部门要及时通报信息，共同掌握案件发展的整体动态，避免在出庭公诉过程中因案件事实或证据的重大变化而导致公诉不利的局面。一旦发现案件事实证据发生了变化，公诉部门要积极主动与侦查部门联系，及时、共同进行补充侦查活动。（2）加强侦查和公诉部门在收集、固定证据中的配合，努力使侦查中收集的每一个证据在法庭上都能够成为指控犯罪的证据，使在法庭上指控犯罪所需要的每一个证据都能在侦查中收集到。（3）公诉部门人员在收到法院裁判文书后，应当当即送交侦查部门；在审查裁判文书时，应当认真征求侦查部门的意见。侦查部门对公诉活动、审判活动以及裁判文书的意见，也可以直接向检察长或检察委员会报告。（4）对自侦案件的二审、再审活动，负责原审公诉的人员应当积极向上级检察院反映和联系。对于公开审理的，侦查人员和原审公诉人员应当主动到庭旁听全部庭审活动。遇有翻供翻证等情况的，应当积极参与补充侦查活动。
（四）视听技术手段的合理运用，是提高自侦案件质量效果的有效途径
一是，充分认识视听资料的特性。
二是，审查视听资料。第一审查视听资料，确立侦查目标。只有确立正确的侦查目标，才能形成正确的侦查方向。侦查人员应对视听资料全面审查，作出科学的判断。第二审查视听资料，分析犯罪构成。侦查工作要时刻围绕犯罪嫌疑人的行为是否构成犯罪来进行。因此,侦查员只有熟练掌握贪污、贿赂案件的犯罪构成要件以及支持要件所需的证据，才能对视听资料的内容及视听资料所提供的线索审查判断，确立侦查方向、决心,才能紧紧围绕犯罪构成展开侦查，获取证据。第三审查视听资料、扩展线索。把个案办成串案，扩展线索是关键。扩线工作应贯穿案件侦查的全过程，审查视听资料是扩线的关键，侦查人员必须具有较强的扩线意识，对视听资料所反映的人、事必须综合分析，能举一反三，从表面“文章”看出隐蔽的犯罪。
三是，运用视听技术，扩大突破职务犯罪案件效果。第一、运用视听技术，获取证据，为突破案件、证实犯罪提供有力武器。视听技术在侦查贪污、贿赂案件中，运用得当，具有突破性作用。第二、获取视听资料，为正确决策奠定基础。第三运用视听技术，锁定证据，为起诉提供保障。
（五）客观、全面地收集、固定证据是保证自侦案件质量的法宝
一是，客观全面地收集固定证据。
1、围绕犯罪构成收集证据。要紧紧围绕犯罪的四个构成要件，收集个方面证据。尤其渎职案件中犯罪嫌疑人的职务、职权，玩忽职守案件中的过失，贿赂案件中的“为他人谋取利益”、“谋取不正当的利益”等方面的证据，要注意全面收集。
2、讯（询）问要扎实，笔录制作详细。首先，要问清犯罪时的情况，包括犯罪时间、地点、手段、方式、过程。如收贿案件中，要问清受贿货币的币种、面值、数量、包裹物等；受贿物品的型号、品种、数量、包装、特征等。其次，要查明犯罪前的情况，查明事情的起因和性质。如受贿案中，应查清受贿嫌疑人与行贿人相互间的关系，防止犯罪嫌疑人将钱权交易狡辩成礼尚往来、赠与、借贷或劳动报酬等。第三，要问明犯罪后的情况，包括赃款赃物去向、有否串供、毁灭证据等情况。如受贿案中，要问明犯罪嫌疑人与行贿人的联系情况、有无将款物上交有关部门等情况，从而防止犯罪嫌疑人以已经退还、以上交、想退还而没有机会退还等借口狡辩、翻供，把口供的后路堵死。
3、广泛收集间接证据。通过收集间接证据，发现直接证据；通过收集间接证据，固定直接证据。
4、同步收集证据，深挖窝案串案。一来可以切断窝串案犯罪嫌疑人的联系，减少串供；二来可以有针对性地进行调查取证或询问；三来可以抓住各方矛盾心理，找到突破口，击溃同盟防线。
5、让犯罪嫌疑人亲笔书写供词。一旦口供突破，应趁热打铁，让犯罪嫌疑人亲笔书写供词。
6、注意收集再生证据。再生证据指犯罪嫌疑人（被告人）及其厉害关系人，在犯罪行为实施后进行的各种反诉活动中形成的，能够证明犯罪事实存在、原生证据存在或反诉活动存在的一切事实材料。再生证据主要产生于以下环节：订立攻守同盟、威胁贿买证人、隐匿销毁证据、转移赃款赃物等。侦查人员一旦发现上述环节，及时收集相关的再生证据，往往能推动案情的发展。
7、对无罪、罪轻证据给予同样重视。
8、严格依照法定程序收集证据。首先，要思想上重视。要认识到依法收集证据是依法独立办案的应有之义，是保障犯罪嫌疑人合法权益的必然要求。
二是，科学严密地审查、判断证据。
围绕证据的客观性、合法性、关联性认真审查证据的各个方面，作出科学判断：
1、从证据的来源审查判断。着重从以下几个方面审查：有关人员是否动机不良，故意提供伪证；有关人员是否因生理上、心理上、认识上、表达上等原因，提供了与真实情况不符的陈述；是否因其他主客观原因，影响了证据的客观性，如现场情况或被检查、鉴定的对象是否因自然或人为的原因而发生变化；侦查人员收集证据的程序、手段是否合法，固定、保管证据是否科学严密等。
2、从证据的内容方面审查判断。审查证据的内容，就是审查判断证据所反映的内容与待证事实是否存在客观的内在联系，内容本身是否合理、有无矛盾等。证据与案件事实之间的联系是各种各样的，有原因上的联系，有结果上的联系，有条件上的联系，也有时间上、空间上的联系。随着现代科技的发展，职务犯罪的隐秘性、专业性、智能性程度越来越高，对于涉及专门知识、专门技能的证据，就需要依靠有专门知识的人进行鉴定。
3、从案内各种证据的联系方面审查判断。要确定每一证据的客观性、关联性，仅从它本身的来源及其所反映的内容进行分析是不够的，还应将它与案内其他证据联系起来进行综合分析，从证据与证据的联系中进行考察，进一步鉴别其真伪和确定其证明力。