这次专项治理的总体目标是，通过治理，使药品、医疗器械生产经营企业及其从业人员普遍受到教育，守法诚信意识显著增强，生产经营行为更加规范，商业贿赂蔓延的势头得到有效遏制。经过治理商业贿赂专项工作，树立科学的监管理念，逐步完善法律法规和监督制约机制，不断提高依法行政水平，保障公众饮食用药安全，促进经济社会协调发展。
邵明立在谈到这次专项治理应遵循的指导原则时强调，要坚持把握政策，维护发展大局。在实际工作中，要从发展大局出发，坚持政治、经济和社会效果的统一，坚持依法行政，既要区分正常的商业交往与不正当交易行为的政策界限，又要区分违纪违规与违法犯罪的界限；既要治理商业贿赂，又要保持药品、医疗器械生产经营的正常工作秩序，维护改革发展和稳定的大局。 邵明立指出，要认真落实专项治理工作任务，结合开展自查自纠和查办商业贿赂案件工作，积极探索建立健全防治商业贿赂的长效机制。要加强企业诚信建设。划分企业信用等级，按照信用等级，采取相应的监管措施。对采取不正当交易行为获取商业机会的药品、医疗器械生产经营企业，食品药品监管部门要建立“黑名单”制度，对列入“黑名单”的企业，及时向社会公布，并限期整改；逾期未改的，将采取严厉措施予以制裁。
邵明立指出，医药购销领域的商业贿赂是专项治理的重点之一。治理商业贿赂专项工作与纠正医药行业不正之风、规范药品、医疗器械市场秩序、降低虚高药品价格、解决看病难、看病贵等问题密切相关，关系到食品药品监管事业发展大局和医药经济健康发展大局。各级食品药品监管部门和药品、医疗器械生产经营企业要深刻理解治理商业贿赂专项工作的重要性和紧迫性，把思想和行动统一到中央的决策和部署上来，增强做好治理商业贿赂工作的责任感、紧迫感，提高工作的主动性、自觉性。
邵明立强调，治理药品、医疗器械生产经营企业商业贿赂的专项工作是一项事关改革发展稳定全局的重要工作，任务艰巨，责任重大。治理商业贿赂的专项工作要加强组织领导，确保治理商业贿赂工作取得实效。在工作中，要注意把握和处理好集中治理与常抓不懈、抓住重点与全面推进、开展治理与维护大局、依法打击与教育警示、分工主抓与齐抓共管的关系。要加强组织领导，明确责任分工，有效扎实开展工作，确保治理工作取得实效。
监察部副部长屈万祥在会上就治理商业贿赂的重大意义作了阐述。对治理药品、医疗器械生产经营企业商业贿赂专项工作提出了明确要求，并强调要全面落实今年反腐倡廉各项任务。
屈万祥指出，食品药品监管系统要坚决贯彻执行中央的重大决策，认真按照中央的部署要求，扎实抓好工作落实，确保治理药品、医疗器械生产经营企业商业贿赂专项工作取得明显成效。一是要明确责任，切实加强组织领导，各级食品药品监管部门和药品、医疗器械生产经营企业成立由“一把手”挂帅的领导机构和工作班子，切实加强工作指导，认真解决工作中的重大问题；要严肃政治纪律，对工作不力，敷衍塞责，造成不良影响的，要按照党风廉政建设责任制的规定追究责任。二是选准重点，扎实稳步推进工作，要围绕国家食品药品监督管理局提出治理药品、医疗器械生产经营企业商业贿赂的六个方面重点问题，深入进行调查研究，进一步分析查找存在的问题，切实掌握本地区、本单位商业贿赂的形式、特点和规律，制定详细的自查自纠方案；要集中力
量，查处一批商业贿赂案件，建立健全防治商业贿赂的长效机制。三是加强协调，形成治理工作合力，要在地方党委、政府的统一领导下，按照国家食品药品监督管理局的要求，组织实施辖区范围内的治理工作，形成齐抓共管的局面。四是要加强督查，力求取得明显实效，要通过督查督办案件，切实维护药品、医疗器械生产经营秩序，坚决遏制商业贿赂蔓延的势头，建立预防和治理商业贿赂的长效机制。
屈万祥强调，中央纪委第六次全会、国务院第四次廉政工作会议和刚刚结束不久的全国纠风工作会议，对今年的党风廉政建设和反腐败工作以及纠风工作作了全面部署，各级食品药品监督管理部门在抓好治理商业贿赂专项工作的同时，要狠抓党风廉政建设和反腐败各项工作，确保全年反腐倡廉各项工作落到实处。