1.它确立了以司法独立原则为核心的近代刑事司法体制。在中国传统社会，行政与司法是合一的，各级行政首长同时也就是该级司法长官。而清末刑事司法改革则确立了司法独立原则，以大理院为最高审判机关的法院机构建立起来，同时建立了检察机关和警察部门。这种司法体制的框架被后世继承和借鉴。 2.它确立了以控审分离为核心的现代刑事诉讼程序。中国古代的刑事诉讼程序，原则上实行纠问式的诉讼方式，起诉和审判主要由审判官承担，没有独立的起诉部门。清末的刑事诉讼制度改革，确立了以检察官为原告官，法官为审判官的诉讼程序。以此为基础，以审判职能、控诉职能和辩护职能相分离的审判结构被确定下来，以侦查、起诉、审判、执行相递进的诉讼阶段也被确定下来。这就奠定了现代刑事诉讼程序的基础。清末刑事司法改革确定的诉讼模式，在当时虽不完善，如辩护制度中尚缺乏专门的律师辩护，但这种基本框架一直被沿用下来。
3.它初步确立了以自由心证原则为核心的近代证据制度。中国古代的证据制度，主要实行以口供为核心的证据定罪制度，没有被告人的口供和签字画押，原则上不能对被告人定罪。清末的刑事司法改革，基本上确立了以证据裁判、直接言词和自由心证为原则的证据制度，在这种证据制度之下，被告人的口供所具有的重要地位受到削弱，近代化的证据制度框架得以确立。
4.它引进了以人权保障为核心的现代刑事司法理念。中国传统的刑事司法理念，首重平分止争与社会安定，而当事人和人民权利的保护则被置于次要地位。因此，在传统的司法过程中，动辄拷打、长期羁押等残害当事人的事情所在多有。清末的刑事司法改革则引进了以人权保障为核心的刑事司法理念，表现在刑事诉讼中，首先是确立了审判公开原则，其次是允许被告人为自己辩护，其他如直接言词原则、自由心证原则等在保护当事人权利方面也起到了重大作用。虽然有些原则在当时并未实施，但在理论上形成了较为完善的体系。
清末刑事司法改革的失败主要表现在两个方面：一是刑事司法改革在清政府手中终止；二是某些制度未能得以实施。
清末刑事司法改革的终止，源于清政府的灭亡。但清政府的灭亡，则又与包括司法改革在内的清末新政的失败密切相关。清末，中央财政极为困窘，而推行各项新政又亟需大量资金，因而加重人民捐赋、出卖国家利权等等就成为清廷敛财的重要手段，结果是各种社会矛盾迅速激化，民众起义连年不断，反而加速了清政权的覆亡。就刑事司法改革而言，经费缺乏也是其失败的原因之一，而人才的缺乏更是其改革难以为继的巨大障碍。在官制改革之初，即有人认识到，由于科举、捐纳已停，应简官缺，“有日减，无日增”，且“以目前而论，各衙门司员虽行拥挤，然求其真能办事者亦不多得”，能够为新政所用的人才非常之少。相比之下，需要掌握专门法律知识、接受过专门法律职业训练的法政人员更是短缺。清末刑事司法改革面临的这种人、财、物困境，无疑使其进程大大受挫。除了上述困难之外，清政府的三心二意、各地督抚官僚或明或暗的反对、传统观念和做法的因袭阻碍，也使得改革停滞不前。因而，可以说，在清末这一特殊的历史环境下推行的刑事司法改革，其前景从一开始就注定是一场悲剧。
至于清末司法改革中仿照国外所设计的某些制度，从一开始就遭到反对而未能实行的主要原因，则是因为它与中国的诉讼传统有严重冲突，譬如陪审团制度、律师制度以及职权主义的审判方式的夭折，都是因为它与传统的思维模式和审判方式严重冲突，一时难以为人们所接受。这样，清末的司法改革，就必然在传统因素———观念、制度、思维等的作用下，走向与改革者的初衷差距较大的路途，以至形成一种非中非西的大杂烩。用时人的描述，就是在司法实践中形成了“大率参照外国法律者半，承用向来习惯者亦半”的状况。