“两权”涉及面广，干部素质参差不齐，制约机制还不够完善，尤其是对某些环节与环节的交叉口、衔接点上还存在“死角”和“盲区”，由此引发了一些问题，具体表现在：
（一）认识不到位。少数领导干部，对坚持“两手抓、两手都要硬”认识不足，开会讲一讲，会后既不当表率，也不认真抓落实，还有私心杂念。尽管规定每周定时进行政治、业务、理论学习，担一些单位普遍存在重业务学习，轻政治学习现象，向下压任务、催进度的多，对干部的思想道德教育少。一些干部学习理论的兴趣不浓，自觉性不高，把学习看作是可有可无的事情，有些甚至出现了理论信念动摇、宗旨观念淡化、思想空虚、精神贫乏的现象。少数干部怕多做事多出错、做错事被追究，因此对工作只求过得去，缺乏进取心、创造性和积极性，对集体的事情，缺少热情，有的甚至漠不关心。
（二）教育不到位。个别单位和部门没有做到警钟长鸣，造成少数税务人员法制观念淡薄，拒腐防变能力不强，依法行政水平不高，出现了执法不严、不规范，失职、渎职、玩忽职守等问题。在执法过程中，少数税务人员抵不住诱惑，摆不正关系，挡不住亲情、友情的干扰，把权力当筹码，拿原则作交易，最终走上违法违纪道路；一些干部由于业务水平不高，对执法过程中应发现的问题却没有发现，而少数人员责任心不强，工作马虎，疏忽大意，应作为而不为，造成了税款的流失等等。
（三）监督不到位。当前由于人治的习惯和机制的不完善，对国税干部特别是领导干部的监督还有不少空隙，不能监督、不敢监督的现象还严重存在。如一些单位民主意识不强，决策缺乏透明度，重大事项不经集体研究，超越个人权限作出审批决定，使广大干部无法监督。一些办税程序、办税结果没有公开，使广大纳税人和群众无从监督。一些单位虽然聘请了社会监察员，但由于没有明确地界定其责、权、利，仅每年召开一两次座谈会，听听意见了事，社会监察员不能正常发挥其监督职能。二审宣判前李真曾道其堕落“真言”：“那时感觉党纪和法律离我太远。我做秘书时，虽说有人管，但没人能监督。我出任河北省国税局局长后，由于这是个垂直系统，总部在北京，离我太远，要管我很难，而地方包括本单位就没人能管我。”
（四）人事改革不到位。近年来，国税系统一直实行竞争上岗，但其竞选的方式、方法、途径尚不完善，过于“简单化”，“形式化”现象仍在一定范围内存在，没有真正达到“能者上，庸者下”、“优胜劣汰”的目的，一些作风不正，能力差，善于逢迎，拉关系的干部仍被步步高升。选人、用人之风的不正，同样给为政不廉留下了隐患。
（五）执行不到位。近年来，各级税务机关在加强“两权”监督上，制订了一系列的考核监督制度，但往往在执行中，不少单位没有认真将这些考核监督制度落实到位，该查的不查，该追究的不追究，这样，职务犯罪行为没有得到及时有效的制止和查处，而且助长了不正之风的蔓延。个别单位对出现的问题采取遮掩态度，大事化小，小事化了。如，一些单位没有真正按照《干部选拔作用条例》选拔干部，少数单位财务制度执行不到位，费用支出把关不严，审批手续不全。
二、完善“两权”监督机制的思考
（一）发挥领导监督作用，做好监督领导工作
各级领导干部是税收执法和行政管理的决策者，也是“两权”监督的重点对象。无数的例子证明，不管是领导者自身坠落，还是普通干部违法，都与领导者决策水平、思想作风，廉洁意识关系重大。实施“两权”监督，要强化党组负总责，主要领导全面负责，分管领导和各业务部门各负其责，纪检监察组织协调，群众参与的工作格局，把“两权”监督寓于各项工作之中。各级税务机关要坚持“两权”监督中的领导责任和管理范围，达到职责明确，分权制约，权责一致，奖惩分明，既要防止越俎代庖，出现摊权争权，也要避免无人监督，出现权力真空。
各级监察部门在对领导班子进行“两权”监督中发挥积极作用。一要配合人事教育部门加强对选拔作用领导干部工作的管理和监督；逐步建立上级主要领导和纪检组长同各分（县）局主要负责人谈话制度、领导干部任前廉政谈话和诫勉制度；二要加强干部离任审计和经济责任审计制度，领导干部离任前，必须对其负责的有关经济问题进行审计，证实无问题后方可调离原工作岗位。三要对群众反映问题较多的干部，实行诫勉谈话，开展批评教育
，限期改正；四是加大责任追究力度，按照《税务执法权和行政管理权监督制约实施办法》的规定，对领导干部在工作中失职失察，给国家造成损失，或者所辖单位发生重大案件，造成不良社会影响的，要严肃追究有关领导责任。
（二）创新教育方式，提高干部执法水平和廉洁意识
各级税务机关要努力改进教育方法，变灌输式教育为启发、引导式教育，培养干部学习兴趣，转变被动学习态度，主动学习掌握新知识，不断提高执法水平和管理能力。要把准干部的思想脉搏，抓好“零距离”谈心教育，加强与干部的思想沟通和交流，了解干部的思想，解决干部的实际困难，增强队伍的凝聚力。通过教育，使广大干部职工树立监督制衡权力，防止腐败堕落，是对干部最大的爱护，最好的保护，最真诚的帮助的思想，树立加强监督是本质，疏于监督是失职。增强接受监督的自觉性。同时，要创新奖惩考核机制。通过建立完善思想政治教育目标责任制，推进思想教育、党风廉政教育的经常化、制度化。
（三）完善制度建设，创新和规范“两权”监督机制
“两权”监督工作是一项难度较大的系统工程，是坚持“带好队、收好税、执好法、服好务”，突出抓好领导班子、基层和党风廉政“三项建设”的保障措施。只有紧密结合本地区本部门的实际，针对容易产生腐败的关键部位和薄弱环节，建好规章制度，创新和规范监管机制，才能使“两权”监督具有可操作性。
1．不断建立健全“两权”监督工作制度。要通过深化征管机构改革，划清机构、部门、岗位的职能和责任，使税收执法权和行政管理权不存在盲点、交叉点，为“两权”监督奠定坚实的基础。
2．完善制约机制，规范执法行为。
在税收执法权方面，要重点抓好个体税收定额的核定、一般纳税人资格认定、税务稽查、出口退税等重点部位和环节的分权制约。在税务稽查环节，要严格实行选案、实施、审理和执行四权分离。选案环节，要充分运用纳税评估软件，人机结合，科学选案，防止漏选、重复选和人情选案、关系选案、报复选案等；检查环节，要加大对稽查案件的抽查复查比例，严格实行稽查小组工作责任制和错案追究制；审理环节，对审理部门已审结的案件进行抽审，并进行集体审理制度，减少自由裁量权，力求做到不同问题不同处理，相同问题相同处理；执行环节，要加强内部质量考核，对执行情况实行机控与人控相结合的监控机制。在个体税收定额的核定管理上，实行征税的不定税，定税的不征税，并对已核定的定额定期公示。在一般纳税人资格认定上，要严格按照审批权限逐级上报审批，对申请企业实行实地核查，防止假冒企业产生。
在行政管理权方面，要围绕“人、财、物”三项管理权，在合理界定各级权力的基础上，依靠制度实施制衡。一是严格民主集中制度，加强对基层“一把手”的管理，对人、财、物等重大事项严格集体审议制度，书面记录审议情况，防止一个人说了算；二是创新竞争机制，强化对人事管理权的监督。在干部的任免上，实行公开选拔、竞争上岗、任职见习、晋升公开、干部交流、岗位轮换等制度，消除任人唯亲，搞小圈子，跑官要官等腐败现象。三是建立健全财务管理监督制约机制，严格执行收支“两条线”管理办法，使事权与财权相分离；四是对大宗物资的采购，按规定程序实行公开招标，公开竞价的办法，择优选择，节支增效，对基建工程项目，实行公开招投标和预决算，严格执行决算审计和基建财务审计，防止不廉行为的发生。
3．全面贯彻落实责任追究制，确保监督到位
追究能否到位是决定“两权”监督能否落实到位的关键，也是解决监督中存在的失之于宽，失之于软问题的有效措施。落实责任追究既是对权力实施监督的重点，同时也是一个难点，难就难在它是权力监督全过程中最实际的部分，直接触动个人和单位的切身利益，是落实“两权”监督工作中难度最大的环节。因此，只有在抓责任追究的落实上狠下功夫，认真解决落实责任追究中出现的困难和问题，排除落实责任追究中遇到的干扰和阻力，在落实责任追究上取得突破，才能使“两权”监督得到真正落实。
（四）找准监察重点，抓好违纪违法案件的查处工作
在新形势下，要注重研究“两权”的运行规律，以及税务人员违纪违法的特点，加强与稽查、征管、人事、财务等相关部门以及当地纪检监察和司法机关的协调配合，对关键部门、关键环节、关键岗位和易发、高发、多发性问题实行重点监控。重点围绕增值税一般纳税人认定、个体双定定额核定、增值税专用发票的管理使用、税款征收、稽查处罚、出口退税审批等方面进行。要查行政处罚环节，看有没有滥用职权随意处罚和以税谋私等问题；查税收环节，看是否存在主擅自越权减税、免税和混淆入库级次问题；查纳税定额环节，看有没有“暗箱操作”、“吃拿卡要”等违纪问题；要注意检查领导干部在基建工程、大宗物品采购等方面有无贪污受贿的违法行为以及领导干部违反政治纪律、组织人事纪律的案件。
为提高监察针对性，还必须不断拓宽、畅通信访举报渠道，保护举报人的合法权益，对诬告陷害他人的案件，也要严肃查处。对查实在行使“两权”过程中徇私舞弊、以权谋私、违法乱纪等行为，要给予责任单位、责任人员一定的党纪、政纪处分，触犯刑法的，要追究刑事责任。要通过加大惩处力度，使“两权”监督发挥真正的效力，彻底克服“写在纸上、喊上嘴上、挂在墙上”的形式主义。
（五）推行政务公开，深化“两权”监督。
“两权”监督内容多，范围广，只有通过各种途径推行政务公开，才能让社会各界群众，包括广大税务人员，明白“两权”监督的内容形式，前因后果，使“两权”得到真正监督，起到应有的作用。
对外，税务机关要公开税收政策、办税要求、手续、流程、服务标准、服务承诺、纳税人义务和权利等，使纳税人清楚自己应该履行哪些纳税义务，应该怎么去履行纳税义务，以及税务机关应该做什么，应该怎么去做等问题，从而奠定纳税人对国税机关及工作人员的监督基础。对涉及面广，影响大的个体“双定”工作，要努力做到公开定税标准、方法、程序、结果，以及管理员的名单、诉电话。在税收执法中，要向纳税人公开检查证件、公开违章事实、处罚依据、处罚金额。要广泛公开、宣传投诉、举报电话，增强群众举报意识。对群众举报涉税违法案件，发现线索，一查到底，不管涉及到哪级干部，坚决依法惩处，决不姑息迁就，并及时反馈举报人，增强群众监督举报的积极性。
对内，一要明确各机构、部门、岗位必须公开的具体政务内容、公开形式、公开时间等，如税款征收权、检查权、处罚权、人事管理权、财务管理权、车辆管理权等，为“两权”监督提供有效的前提。二要建立定期发布制度，借助网络、新闻媒体等渠道，对外公开税收执法权的行使情况，对内公开行政管理权的行使情况。如重大基建工程的招投标、大宗物资的采购等活动情况。三要公开“两权”监督工作考核办法，明确考核目标的内容、要求、标准、责任单位、分值等，以及“两权”监督工作的责任单位责任人员的相应职责。同时，定期组织检查，综合考评，通报检查结果，对执行“两权”监督不力的责任单位和责任领导要公开批评，并将检查结果作为评先评优的条件之一。
（六）以运行CTAIS为契机，发挥科学监督优势
运行税收征管信息系统(CTAIS)后，税收征管网络将走上一个全新的台阶，征管效能得到大幅度提高。我们应充分利用CTAIS的优势，建立和完善“两权’监督信息查询系统，让监督者尽快知情，同时，建立“两权”监督信息反馈系统，让监督者有效参与监督。还可以利用CTAIS本身所具有的系统日志、流程自动跟踪等，定期对信息系统的操作过程进行自动监控。如每月申报期过后，即可通过CTAIS系统，计算征收单位的申报率，每月终了后立统计出各项考核指标完成情况，如征管“七率”、金税工程“四率”、稽查“八率”，对不完成考核指标，及时发出“警报”，进行追究，减少人为因素和执法的随意性，为“两权”监督构筑坚实的平台，使“依法治税，从严治队，科技加管理”三篇文章真正得到融会贯通。
（七）进一步加强纪检监察队伍建设
为不断适应新形势和新任务对纪检监察工作的要求，各级领导要切实重视和支持纪检监察工作，为纪检干部撑腰，对诬陷、打击报复纪检监察干部的行为要严肃查处，保证党风廉政建设和反腐败工作的正常开展。要将作风正，业务精，能力强的干部充实到纪检监察队伍中，提高纪检监察的战斗力。同时，要与时俱进，加强纪检监察队伍的培训，使纪检干部不断更新知识，提高综合素质和办案能力。纪检监察干部也要自觉加强政治业务学习，掌握新知识，提高办案效率；加强对新形势下出现的新情况、新问题的研究，增强工作预见性和针对性；加强自律建设，增强抵御力；加强组织作风建设，增强集体战斗力。