医疗保障制度的改革一直未将农村人口纳入思考的范围，但农村人口一直是我国总人口的重要组成部分，使广大农村人员享受到医疗保险是我国医疗保险体系建立、乃至经济建设的重要环节。
从国家的层面来看，自90年代以来，我国政府一直把建立城镇职工医疗保险体系和改革公务员及事业单位工作人员的公费医疗制度作为工作的重点，取得了很大的成就。但对于是否需要建立和如何建立农村医疗保险体系，解决农村地区人口及外来人口等弱势人群的医疗风险问题，至今缺乏统一的认识，更不用说明确的思路和政策。农村合作医疗保险制度自80年代以来出现大幅度滑坡，使90％左右的农村人口成为游离在社会医疗保障体系之外的自费医疗群体。
社会保障权是每一个公民的基本权利，为农村提供医疗保障是国家职能的基本体现。更为重要的是农村医疗保险制度的建立有利于实现农民的增收和脱贫，有利于经济建设。农村地区缺乏社会保障，“小病挨、大病拖、重病才往医院抬”的情况司空见惯，因病致困返贫的现象非常突出。同时给农村劳动力的战略转移、农业资源的合理配置和农业现代化的实现产生严重障碍，限制了内需的有效增长。
既然建立农村社会医疗保险制度具有重要的作用，那么，目前我国是否具备相应的条件呢？从西方国家社会保障制度建立的经验来看，社会保障制度的建立具有阶段性，最初只覆盖城市的雇员和公务员，随后在社会、政治、经济、人口条件成熟后，才逐步扩展到农村地区。鉴于此，加之我国农村合作医疗保险制度的失败，从而有部分学者认为目前没有建立农村医疗保险制度所需的财力和可依托的组织机构，因此反对在农村地区开展医疗保障。但有关实证研究分析表明：建立农村医疗保险制度是一个渐进的过程，不可能立即在全国普遍建立起来，但在部分发达地区已经具备建立农村医疗保险制度的条件。
首先，是农村合作医疗保险的实施积累了实践经验和教训。我国自1986年在全国的大部分省市农村开展了一种新的称为“合作医疗保险”的社区保险项目的试点工作，到1998年末，我国已有712个县建立了合作医疗保险制度。实践证明，农村合作医疗保险促进了我国农村卫生事业的发展，是农民群众通过互助互济、共同抵御疾病风险的方法之一。虽然该制度在具体实践中遇到了费用筹集、保障水平确定和管理体制等方面的难点问题，从而大部分相继解体，但在苏南、上海地区依然保存，并发展了农村劳保医疗、合作医疗保险、大病统筹、农村医疗救助等多种类型的农村医疗保障，从而在正、反两方面为新的农村医疗保险制度的建立提供了经验和教训。
其次，是我国农村经济的发展为农村医疗保险制度的建立提供了经济基础。收缴医疗保险费用难是农村医疗保险制度的致命伤。但改革开放20多年来，我国农村地区经济得到长足发展，提高了农村集体经济和农民对医疗保险费用的承担能力，也提高了各地，尤其是发达地区政府财政对农村医疗保险制度建立与实施的支持能力，从而能够部分解决医疗保险费用筹资来源问题，为农村医疗保险制度的建立与实施提供了良好的经济基础。由于农民医疗负担能力提高，在合理确定农村医疗保险的保障水平的条件下，发达地区农民群众也能够承担得起相应的费用。
从我国当前的社会经济发展状况看，解决我国农村地区医疗风险问题，建立农村医疗保险体系的思路主要有三，其一是改造旧的农村合作医疗保险制度，建立新型的农村合作医疗保险制度，由农民每年交一定数额的合作医疗资金，农村集体组织和政府也相应投入一部分资金，共同形成专项农村医疗保险基金，农民就医时可按一定比例报销医疗费。其二是参照城镇职工基本医疗保险制度，建立相应保障水平的农村居民基本医疗保险制度；其三是将农村居民纳入城镇职工基本医疗保险制度，建立城乡统一的基本医疗保险体系，实现城乡居民基本医疗保障范围、水平、筹资和管理的完全对接。
但考虑到我国城镇职工、公务员医疗保险体系改革
正在进行之中，因此尚不具备建立低水平的农村居民基本医疗保险制度或将农村居民纳入城镇职工基本医疗保险体系的条件，采取建立新型农村合作医疗保险是当前的可选思路。但农村合作医疗实质上是一种在一定社区范围内以社区居民为保障对象的社区福利制度，是在一定社会经济条件下的一种过渡性医疗保障供给方式，具有不稳定性和暂时性的局限。而低水平的农村居民基本医疗保险制度又是农村医疗保险由社区保障向社会保障演进过程中的过渡形态。随着经济的发展、农村城镇化进程的加快和二元经济结构的改变，城乡差别将逐步消除，建立具有社会保障性质、城乡统一的基本医疗保险体系将是我国社会医疗保障的发展趋势。